電子帳簿保存法をわかりやすく｜義務は3区分のうち「電子取引」だけ
電子帳簿保存法の解説が難しく感じるのは、3つの制度をまとめて説明しているからです。3つのうちあなたに義務があるのは1つだけで、残りの2つは「やってもいい」という任意の制度にすぎません。ここを分けずに読むから、いつまでも自分が何をすべきか分からないのです。
結論から言うと、義務なのは「電子取引データ保存」だけです。メールやWebで受け取った請求書・領収書を、データのまま保存する。これだけです。
そして、よくある誤解を先に潰しておきます。紙で受け取った請求書をスキャンする義務はありません。紙は紙のまま保存して構いません。スキャナ保存は任意の制度です。
義務なのは3区分のうち1つだけ
電子帳簿保存法には3つの区分があります。このうち義務は「③ 電子取引データ保存」だけで、①と②は任意です。
この違いは、法律の書きぶりにそのまま表れています。電子帳簿等保存（法4条1項・2項、5条）とスキャナ保存（法4条3項）は「その電磁的記録の保存をもって…の保存に代えることができる」と書かれています。できる＝やってもよい、つまり任意です。
いっぽう電子取引（法7条）だけが「その電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない」と書かれています。ここだけが義務です。
「電子取引」とは何か（具体例）
では、義務である「電子取引」とは何か。法律の定義は「取引情報の授受を電磁的方式により行う取引」（法2条5号）ですが、これでは分かりません。具体例で覚えてください。
| よくある電子取引 | 保存するもの |
|---|---|
| メールに添付されたPDFの請求書・領収書 | 添付ファイル（PDF） |
| メール本文に金額等が書かれている場合 | そのメール自体 |
| Amazon・楽天などECサイトの領収書 | ダウンロードした領収書データ |
| Webサイトからダウンロードする請求書（携帯電話・クラウド等） | ダウンロードしたPDF |
| クレジットカードのWeb明細 | 明細データ |
| インターネットバンキングの振込 | 取引年月日・金額・振込先名が分かるデータ（画面のPDF化でも可） |
| 交通系ICカード・スマホアプリ決済の利用明細 | 利用明細データ |
| クラウド請求書サービスでの受領 | そのデータ |
| EDI取引・ペーパーレスFAX | そのデータ |
ポイントは「請求書だけではない」ことです。注文書・契約書・送り状・納品書・見積書・領収書──紙でやりとりしていたら保存が必要になる書類が、データで届いたら、すべて対象です。水道光熱費や旅費交通費など、仕入以外の経費のものも含まれます。
ただし、データをきちんと保存したうえで、経理の便宜のために紙にも印刷して綴じておくことは自由です（国税庁も明示的に問題なしとしています）。禁止されているのは「紙だけ」にすることです。
ちなみに、消費税だけは扱いが違います。消費税法上、保存が必要な電子データについては、書面に出力して保存することも引き続き認められています（保存の有無が税額計算に直結するため）。義務化されているのは所得税・法人税の保存義務者に対してです。とはいえ、法人税・所得税の側で義務がある以上、実務上は「データで残す」の一択です。
やることは2つだけ（改ざん防止・検索）
電子取引データを保存するときにやることは、大きく2つです（このほか、ディスプレイ・プリンタなど普通のパソコン環境の備付けが要りますが、通常は自動的に満たしています）。
① 真実性の確保（改ざん防止）── 無料でできます
次の4つのうち、どれか1つを満たせば足ります。
| 方法 | 費用 |
|---|---|
| タイムスタンプが付されたデータを受け取る | 相手次第 |
| 受け取ったデータにタイムスタンプを付す | 有料サービス |
| 訂正・削除の履歴が残る（または訂正削除できない）システムで授受・保存する | 有料システム |
| 訂正・削除の防止に関する「事務処理規程」を定めて備え付け、運用する | 無料 |
中小企業・個人事業者の現実的な答えは、いちばん下の「事務処理規程」です。国税庁がWordのサンプルを無料で配布しており、会社名・管理責任者名・保存年数などを埋めれば完成します（法人用と個人事業者用の2種類）。費用ゼロ、システム導入ゼロで、真実性の要件はこれで終わりです。
② 可視性の確保（検索できること）
保存したデータを、次の3項目で検索できる状態にしておきます。
- 取引年月日その他の日付
- 取引金額
- 取引先
専用システムは要りません。国税庁が示している方法は2つです。
- ファイル名に規則性を持たせる … 例：2026年7月8日にAmazonから受け取った8,978円の領収書 →
20260708_Amazon_8978.pdf（和暦・西暦はどちらでも可。ただし混在させないこと。混ざると検索できなくなります） - 索引簿（一覧表）を作る … Excel等で「日付・金額・取引先」の一覧を作り、ファイル名（連番でも可）と対応づける
件数が少ないうちはファイル名だけでも回りますが、件数が増えると索引簿の方が圧倒的に楽です。金額の範囲検索や取引先ごとの絞り込みが表計算ソフトの機能でそのまま使えるためです。
無料ダウンロード：電子帳簿保存法の索引簿テンプレート（CSV・記入例つき） 取引年月日・取引先・取引金額・書類種別・保存ファイル名の列をそろえた索引簿テンプレート。Excel・Googleスプレッドシートでそのまま開けます（登録不要・無料）。書き方の解説と記入例つき。検索要件は3段階で緩む（5,000万円以下の免除）
「検索できるようにする」と聞くと身構えますが、実際には3段階で緩みます。ほとんどの中小事業者は、いちばん下の段に落ちます。
| あなたの状況 | 必要な検索機能 |
|---|---|
| 原則 | (1) 日付・金額・取引先で検索できる (2) 日付・金額は範囲指定で検索できる (3) 2つ以上の項目を組み合わせて検索できる |
| 税務調査でダウンロードの求めに応じられるようにしている | (1) だけでよい （(2)(3)は不要） |
| 上記に加えて、 ・基準期間の売上高が5,000万円以下 または ・データを出力した書面を日付・取引先ごとに整理して提示・提出できる |
検索機能はすべて不要 |
「ダウンロードの求めに応じる」とは、税務調査の際に調査担当者にデータのコピーを渡せるようにしておく、という意味です。普通にPCやクラウドにファイルを保存していれば満たせます。
5,000万円はどう数えるか（間違えやすい）
- 基準期間は、個人事業者は「電子取引を行った年の前々年（1月1日〜12月31日）」、法人は「前々事業年度」（前々事業年度が1年未満の場合は、その事業年度開始日の2年前の日の前日から同日以後1年を経過する日までの間に開始した各事業年度を合わせた期間）の売上高で判定します。今年の売上ではありません。
- 消費税の「課税売上高」とは別物です。ここでいう「売上高」には非課税売上も含まれます。免税事業者や簡易課税の事業者でも、非課税売上を足したら5,000万円を超える場合は、この免除を受けられません。
- いっぽう営業外収益・特別利益は含みません（一時的に保有していた資産の売却額など）。
- 新規開業・新設法人は、基準期間がないため初年度と2年目は検索要件が不要です。
- 基準期間が1年でない法人は、月数按分して12ヶ月換算した額で判定します。
2024年1月からの猶予措置（相当の理由）
ここが最も誤解されているところです。2つの措置がまぎらわしいので、分けて理解してください。
| 宥恕（ゆうじょ）措置 〜2023年12月31日の取引 | 猶予措置 2024年1月1日以後の取引 | |
|---|---|---|
| 現在の扱い | 廃止済み | 現在も有効（期限の定めなし） |
| 理由の要件 | 「やむを得ない事情」 | 「相当の理由」を税務署長が認める |
| 電子データの保存 | 不要（紙だけでもよかった） | 必須（データも保存する） |
| 調査時に求められるもの | 出力書面の提示・提出 | 出力書面の提示・提出 ＋ データのダウンロードの求めに応じること |
| 事前申請 | 不要 | 不要 |
猶予措置に乗れば、改ざん防止も検索要件も不要になります。「データを消さずに保存しておく」だけでよい、という状態です。ただし――
ここを勘違いして「猶予されているから紙でいい」と考えているケースが本当に多いのですが、それは2023年で終わった話です。
「相当の理由」とは何か
国税庁は具体例を示しています。要件どおりに保存するためのシステムや社内のワークフローの整備が間に合わないといった、環境が整っていない事情があればよく、パンフレットでは「人手不足」「システム整備の資金不足」「システム整備が間に合わない」も相当の理由として認められると明記されています。事前の届出も申請も不要です。
逆に、認められないのはこういうケースです。
- システムもワークフローも整っていて要件どおり保存できるのに、やっていない（資金繰り・人手不足といった理由がない）
- これまで要件どおり保存できていたのに、特段の事情なくシステム更改で検索要件を満たせなくなった
- 要件どおり保存していたのに、保管スペースの都合で出力書面を捨てて検索要件の免除条件を満たせなくなった
つまり猶予措置は「これから対応する事業者のための時間稼ぎ」であって、対応を放棄した事業者の逃げ道ではありません。事情が解消したら、その後の取引には使えなくなります。
罰則の実際（青色取消・重加算税10%加重）
ここは煽られがちですが、正確に書きます。
青色申告の承認取消し ── 「対象となり得る」が「直ちに取消し」ではない
国税庁は明確にこう言っています。災害等のやむを得ない事情も税務署長が認める相当の理由もなく、要件に従って保存していない場合は、青色申告の承認の取消対象となり得ます。データの保存に代えて書面出力していた場合も同じです。
一方で、同じ回答の中でこうも言っています。「青色申告の承認の取消しについては、違反の程度等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討した上、その適用を判断しています」。事務運営指針に基づく判断であり、要件違反があったことをもって直ちに必ず行われるものではないと明記されています。
実際、従業員の立替経費について電子データが適正に保存されず出力書面だけが残っていた、という事実「のみ」をもって、直ちに青色申告の承認が取り消されたり、その支出がなかったものと判断されたりはしない、とも書かれています。
重加算税の10%加重 ── こちらは実弾です
電子取引データに関連して隠蔽・仮装が行われた場合、重加算税が10%加重されます（法8条5項）。具体的には、データを削除・改ざんして売上を除外した、経費を水増しした、保存データの内容が取引実態を表していない（架空取引）といったケースです。データは紙より改ざんの痕跡が残りにくい、という理由で重くされています。
ここで押さえるべきなのは、「うっかり要件を満たしていなかった」ことに対する罰金ではないという点です。加重されるのは不正をした場合です。要件不備と不正は、まったく別の話です。
令和7年度税制改正で、請求書等の電子取引データを自動で保存し帳簿に自動連携する仕組み（デジタルシームレス）に対応した制度が新設されました。国税庁長官が定める基準に適合するシステムを使い、規則第5条第5項の要件を満たして送受信・保存している電子取引データについては、重加算税の10%加重の対象から除外され（電子帳簿保存法8条5項が定義する「特定電磁的記録」）、あわせて青色申告特別控除が75万円になります。
適用は重加算税の除外が令和9年（2027年）1月1日以後に法定申告期限が到来する国税から、青色申告特別控除は令和9年分以後の所得税からです。あらかじめ届出書の提出が必要で、ディスプレイ・プリンタの備付けと検索要件も満たしている必要があります。令和9年1月1日前は準備期間ですが、システム選定を控えている会社は頭に入れておく価値があります。
ここは「75万円」です。「65万円」と書いてある解説を見たら、改正が二段階だったせいだと思ってください。令和7年度改正の時点では青色申告特別控除の最高額が65万円だったので、当時の資料はデジタルシームレスの効果を「65万円」と説明しています。しかしその後の令和8年度改正（令和8年3月31日法律第12号）で、令和9年分から55万円の区分が廃止され、e-Tax送信を要件とする65万円が標準になりました。デジタルシームレスや優良な電子帳簿は、その標準の65万円を75万円に読み替える枠に移っています（租税特別措置法25条の2第5項。一号＝優良な電子帳簿、二号＝デジタルシームレス）。
ただしデジタルシームレスだけでは75万円になりません。75万円は同条第4項の65万円を読み替える形なので、複式簿記による記帳（4項）と期限内のe-Tax送信（7項）が前提です。自分がどの区分になるかは青色申告特別控除シミュレーターで判定できます（令和9年分の改正にも対応しています）。
Amazonの領収書をどうするか
実務でいちばん詰まるのがここです。Amazonや楽天での購入は、まぎれもなく電子取引です。件数が多く、しかも1件ずつ注文履歴を開いて領収書を確認する必要があるため、索引簿づくりが苦行になります。
「Amazonのサイトで見られるんだから、ダウンロードしなくてもいいのでは？」と考える人は多く、実は国税庁もそれを認めています。ECサイト上でその領収書データを随時確認できる状態であれば、必ずしもダウンロードして保存しなくても差し支えない、とされています。ただし条件があります。
② 各税法に定められた保存期間が満了するまで（法人は原則7年、欠損金が生じた事業年度は10年）、そのサイト上で領収書データを確認できる状態が続くこと。
② を満たせるかどうかは、ECサイト側の都合です。Amazonの注文履歴が7年後も同じ形で参照できる保証は、どこにもありません。手元にデータを落として索引簿を作っておくのが、確実で安上がりな対応です。
とはいえ、注文履歴を1件ずつ開いて日付・金額・注文番号を転記する作業は、件数がそのまま時間になります。しかもAmazonの注文履歴は、キャンセルした注文も同じ見た目で並んでいる、サブスクなど金額がページ上に表示されない注文がある——と、機械的にコピーするだけでは正しい索引簿になりません。
- 紙で来たものは紙のまま。スキャンは任意（やらなくてよい）
- データで来たものはデータのまま保存。印刷して紙だけにするのはNG
- 改ざん防止は「事務処理規程」を作れば無料で済む（国税庁がサンプル配布）
- 検索は「日付_取引先_金額」のファイル名か、索引簿（一覧表）で足りる
- 売上5,000万円以下（2年前）なら、ダウンロードの求めに応じられることを条件に検索要件はすべて不要
- 間に合わないなら猶予措置。ただしデータは必ず残す
よくある質問
紙でもらった請求書は、スキャンしてデータで保存しないといけませんか？
いいえ、不要です。紙は紙のまま保存して構いません。スキャナ保存は「保存に代えることができる」と書かれた任意の制度で、義務ではありません。義務なのは、メールやWebでデータとして受け取ったもの（電子取引）だけです。
メールで届いたPDFの請求書を印刷して、紙のファイルに綴じています。これではダメですか？
紙だけを残してPDFを消しているならNGです。2024年1月1日以後の電子取引は、データそのものの保存が必要で、出力書面での保存に代えることはできません。ただし、データをきちんと保存したうえで、経理の便宜のために紙にも印刷して綴じておくことは問題ありません。
検索要件が免除されるのは、売上いくらまでですか？
基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度、ただし前々事業年度が1年未満の場合は、その事業年度開始日の2年前の日の前日から同日以後1年を経過する日までの間に開始した各事業年度を合わせた期間）の売上高が5,000万円以下で、税務調査の際にデータのダウンロードの求めに応じられるようにしている場合は、検索機能の確保がすべて不要になります。この「売上高」は消費税の課税売上高とは異なり非課税売上を含む点に注意してください（営業外収益・特別利益は含みません）。基準期間のない新規開業者・新設法人は、初年度と2年目は検索要件が不要です。
事務処理規程はどこで手に入りますか？ 自分で書くのですか？
国税庁がWordのサンプルを無料で配布しています（「参考資料（各種規程等のサンプル）」のページに、法人用と個人事業者用の2種類があります）。会社名・管理責任者・保存年数などを埋めれば使えます。作成後は事業所に備え付け、データを扱う従業員に周知して、規程どおりに運用してください。
対応できていないと、すぐに青色申告が取り消されますか？
取消しの対象にはなり得ますが、直ちに必ず取り消されるわけではありません。国税庁は「違反の程度等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討して判断する」としています。ただし猶予措置に乗るには電子データそのものの保存が必要なので、受け取ったデータを消さないことが最優先です。
Amazonの注文履歴はサイト上で見られるので、ダウンロードしなくてよいのでは？
条件つきでは認められますが、実務上はダウンロードするのが安全です。ECサイト上で領収書データを随時確認できる状態なら必ずしもダウンロード不要とされていますが、それはサイト側が真実性・検索の要件を満たしていること、かつ保存期間（法人は原則7年）が満了するまで確認できる状態が続くことが前提です。ECサイト側の仕様変更で過去分が見られなくなるリスクは自分では制御できないため、手元にデータを落として索引簿を作っておくことをおすすめします。
出典
令和8年度改正を反映し、デジタルシームレスの青色申告特別控除を75万円に訂正。国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」「電子帳簿保存法の概要」に基づいて作成。
- 国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」（令和8年7月）── 問1・問2・問5・問10・問17・問18・問19・問21・問30・問33・問45・問48・問50・問51・問52・問64・問65・問89・問93〜問98
- 国税庁「電子帳簿保存法の概要」（法4条・5条＝「代えることができる」／法7条＝「保存しなければならない」）
- 国税庁「電子帳簿保存法対応！令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について」（令和6年11月）
- 国税庁「電子帳簿保存法の内容が改正されました〜令和5年度税制改正による電子帳簿等保存制度の見直しの概要〜」（令和5年4月）
- 国税庁「請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が新設されました〜令和7年度税制改正による電子帳簿等保存制度の見直しの概要〜」（令和7年4月）
- 租税特別措置法25条の2（青色申告特別控除）── 令和9年分に適用される版（2027年1月1日施行）を確認。第5項が第4項第1号の「六十五万円」を「七十五万円」と読み替える。一号＝電子帳簿保存法8条4項の要件（優良な電子帳簿）、二号＝同法8条5項の「特定電磁的記録」（デジタルシームレス）。適用年分は令和8年3月31日法律第12号 附則33条による ── e-Gov法令検索
- 電子帳簿保存法8条5項（重加算税の10%加重と、「特定電磁的記録」の除外）── e-Gov法令検索
- 国税庁「参考資料（各種規程等のサンプル）」── 電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程（法人の例・個人事業者の例）、索引簿の作成例
- 国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト」
本記事は一般的な情報提供を目的としたものです。個別の判断は税務署または税理士にご確認ください。