同族会社とは — 「3人以下」で50%超。判定された瞬間に3つの規定が動く

公開日: 2026年8月16日（更新日: 2026年8月22日） ／ 法人税法・同施行令を e-Gov法令API で取得して確認

文責: Masahiro Yasu（クリニック・EC事業の経営者／経理実務者）

結論から言うと、同族会社とは、株主等の3人以下と、その人たちと特殊の関係にある個人・法人が、発行済株式の50%を超えて持っている会社のことです（法人税法2条10号）。日本の中小企業の大半が当てはまります。

ここでつまずきやすいのが「3人以下」の読み方です。これは株主が3人までという意味ではありません。数えるのは株主グループが3つまでで、社長の配偶者も子も親も、同じグループとして社長に合算されます。株主名簿に20人並んでいても、その多くが親族なら1グループに畳まれて、あっさり50%を超えます。

そして同族会社に当たると、3つの規定が自動的に動きだします。①肩書きが部長でも役員として扱われるみなし役員（施行令7条）②利益を配当せず内部に貯めると追加で課税される留保金課税（法67条）③税務署長が計算をやり直せる行為計算否認（法132条）。このうち留保金課税だけは判定の分母が違い、「3人以下」ではなく「1人」で見ます。しかも資本金1億円以下の会社は原則として対象外です（ただし資本金5億円以上の大法人に100%支配されている会社などは、1億円以下でも対象になります）。多くの中小企業はここで外れます。ここを混同した説明が多いところです。

同族会社の判定 — 「3人以下」で発行済株式の50%超

定義は法人税法2条10号にあります。会社の株主等の3人以下と、これらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人が、その会社の発行済株式または出資の総数・総額の100分の50を超える数・金額を持っている場合、その会社が同族会社です。

数え方の順序は決まっています。まず株主をグループに束ね、次にグループを持株割合の大きい順に並べ、上位から3グループまでを足して50%を超えるかを見ます。この上位から順に足していく構造は、施行令71条1項5号イが「第一順位」「第二順位」「第三順位」という語で明示しています。

「3人」は人数ではない。株主グループが3つという意味

誰が同じグループに入るのかを決めているのが施行令4条です。1項が個人、2項が法人を挙げています。

まず個人。株主等と次の関係にある人は、その株主等と同じグループに束ねられます。

1号の「親族」は法人税法が独自に定義しているわけではないので、一般に民法上の親族、すなわち6親等内の血族・配偶者・3親等内の姻族を指すものとして扱われます。範囲はかなり広く、いとこの子（5親等）まで入ります。

注意したいのが3号と4号です。親族でなくても同じグループに入る場合があるということです。個人株主に雇われている使用人、そして株主から生活費を受け取って生計を維持している人は、血縁がなくても合算されます。

法人側（施行令4条2項）は、支配関係の連鎖でつながります。判定しようとする会社の株主等の1人が他の会社を支配している場合、その他の会社も同じグループです（1号）。さらにその会社が支配する会社（2号）、そのまた先（3号）と、3段階まで連鎖します。ここでいう「支配している場合」は、施行令4条3項が、他の会社の発行済株式の50%超を持つ場合、または一定の議決権の50%超を持つ場合などと定めています。

物差しは3つある。株式数・議決権・社員数のどれかで当たる

ここは見落とされやすいところです。法人税法2条10号は、株式の数・金額で50%超という本文のあとに「その他政令で定める場合」と続けています。その政令が施行令4条5項で、次の2つを追加しています。

• 議決権による判定 … 施行令4条3項2号イ〜ニに掲げる議決権（事業の全部・重要な部分の譲渡、解散、継続、合併、分割、株式交換、株式移転、現物出資に関する決議に係る議決権など）のいずれかにつき、総数の50%超を持つ場合
• 社員数による判定 … 合名会社・合資会社・合同会社で、社員（業務を執行する社員を定めた場合は業務執行社員）の総数の半数を超える数を占める場合

つまり判定の物差しは3つあり、どれか1つで当たれば同族会社です。株式の持分割合を50%以下に調整しても、種類株式などで特定の議決権が50%超に集まっていれば、議決権の側で該当します。

帰結① みなし役員 — この語は条文に一度も出てこない

実務でいちばん頻繁に効いてくるのがこれです。役員給与には損金算入の制限（法34条）がかかりますが、登記されていない人でも「役員」として扱われることがあります。俗に「みなし役員」と呼ばれます。

ここで1つ、確かめておいたことがあります。「みなし役員」という語は、法人税法にも法人税法施行令にも一度も出てきません。全文を取得して数えた結果はどちらも0回でした（法人税法600,520字・施行令1,184,221字）。同じテキストで「同族会社」は35回・54回出てくるので、数えられていないわけではありません。条文上の見出しは施行令7条の「役員の範囲」で、法2条15号の「役員」の定義に政令で足されている人、というのが正確な位置づけです。

その施行令7条は、次の2種類を挙げています。

1号は同族会社に限りません。ここはよく取り違えられます。役員を退いて相談役や顧問になった人、非常勤の会長など、使用人としての地位を持たないまま経営に従事している人は、同族会社かどうかに関係なく役員として扱われます。

2号が同族会社限定の規定です。条文は要件を直接書かず、施行令71条1項5号イ〜ハの「役員」を「使用人」と読み替えた場合に、その要件をすべて満たす者という書き方をしています。読み替えて整理すると、次の3つをすべて満たし、かつ経営に従事していることが要件です。

3段階とも「超える」であって「以上」ではありません。ちょうど5%なら、ハを満たさないことになります。

なお「経営に従事している」の中身は、法人税法にも施行令にも定義が置かれていません。施行令の全文で「経営に従事」は13回出てきますが、いずれも要件として使う側の規定で、定義規定ではありませんでした。

帰結② 留保金課税 — 判定は「3人以下」ではなく「1人」

法人税法67条の見出しは「特定同族会社の特別税率」です。利益を配当せずに内部留保すると、通常の法人税に上乗せして課税されます。個人の所得税を避けるために会社に利益を貯め込む動きを抑える趣旨の規定です。

ここでの最大の注意点は、判定の分母が同族会社とは違うことです。67条2項が定める被支配会社は、会社の株主等の1人と、これと特殊の関係のある個人・法人が50%超を持つ場合をいいます。

そのうえで67条1項は、資本金の額または出資金の額が1億円以下である会社については、法66条5項2号から5号までに掲げるものと、同条6項の大通算法人に限る、という限定をかけています。法66条5項2号が挙げるのは、資本金5億円以上の大法人による完全支配関係がある普通法人などです。

したがって、資本金1億円以下で、大法人の100%子会社でもない会社は、留保金課税の対象になりません。日本の中小企業の多くはここで外れます。「同族会社だから内部留保に課税される」という説明は、この限定を落とすと誤りになります。

対象になる場合の税率は、課税留保金額を3段に区分して次のとおりです（法67条1項各号）。

事業年度が1年に満たない場合は、この「年3,000万円」「年1億円」を12で除して事業年度の月数を乗じた金額に読み替えます（67条6項）。設立初年度や決算期を変更した期は、区分の境目が下がる点に注意が必要です。

留保控除額は3つのうち最も多い金額

留保金額のすべてに課税されるわけではありません。67条1項は「留保金額が留保控除額を超える場合」に、その超える部分へ課税すると定めています。

その留保控除額は、67条5項が3つ挙げたうえで「次に掲げる金額のうち最も多い金額」としています。いずれか1つを選ぶのではなく、3つを計算して最大値を採るという構造です。

3号は見落とされやすい枠です。設立から間もない会社や、過去の欠損で利益積立金額が薄い会社では、この3号が1号・2号より大きくなることがあります。資本金2億円で利益積立金額が1,000万円なら、25%相当額の5,000万円に4,000万円足りないので、3号の候補は4,000万円です。年2,000万円の2号より大きくなります。

帰結③ 行為計算否認 — 132条は同族会社だけの規定ではない

法人税法132条は、税務署長が更正・決定をする場合に、その法人の行為・計算でこれを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為・計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより課税標準や税額を計算できる、と定めています。

見出しは「同族会社等の行為又は計算の否認」ですが、条文が挙げる対象は2つあります。1号が内国法人である同族会社、2号が同族会社ではない一定の法人で、次のすべてに当たるものです。

• イ … 3以上の支店、工場その他の事業所を有すること
• ロ … その事業所の2分の1以上に当たる事業所につき、その所長・主任その他の事業の主宰者、またはその主宰者の親族その他の特殊の関係のある個人が、前にその事業所において個人として事業を営んでいた事実があること

つまり「同族会社でなければ132条は来ない」わけではありません。個人事業を法人化して事業所として取り込んだ形態の会社は、非同族でも対象になり得ます。見出しの「等」はここを指しています。

実数で通す

数字はすべて説明のための仮定値です。

前提：株主は社長40%、社長の配偶者15%、社長の弟8%（使用人として部長職・経営会議に参加）、取引先A社20%、従業員持株会17%。自己株式なし。資本金1億5,000万円。

①同族会社の判定：社長・配偶者・弟は親族なので同じグループです（施行令4条1項1号）。第1順位グループは 40＋15＋8＝63%。1グループだけで50%を超えるので、同族会社に当たります。

②弟はみなし役員か：施行令7条2号の3要件を読み替えて当てます。イ＝第1順位グループ63%だけではじめて50%超になるので、そのグループに属している（満たす）。ロ＝属するグループの所有割合63%＞10%（満たす）。ハ＝本人の所有割合8%＞5%（満たす）。加えて経営に従事しているので、みなし役員に当たります。給与は役員給与として法34条の制限を受け、期中の増額は原則として損金になりません（期首から3か月を経過する日までの改定と、臨時改定事由・業績悪化改定事由による改定は例外です。詳しくは役員報酬の決め方）。もし弟の持株が4%なら、ハの5%超を満たさないため2号には当たりません。

③留保金課税は来るか：被支配会社の判定は1グループで見ます。第1順位グループが63%＞50%なので被支配会社に当たり、特定同族会社の入口には乗ります。資本金は1億5,000万円で1億円を超えているため、67条1項かっこ書きの除外にも当たりません。対象になります。

④税額：所得等の金額8,000万円、法人税・地方法人税・住民税の合計2,400万円、期末配当1,000万円とすると、留保金額は 8,000−2,400−1,000＝4,600万円。留保控除額は、1号＝8,000×40%＝3,200万円、2号＝2,000万円、3号＝（利益積立金額が資本金の25%＝3,750万円を上回っているとして）0円、の最大値なので3,200万円。課税留保金額は 4,600−3,200＝1,400万円で、年3,000万円以下の区分なので税率10%、上乗せされる税額は140万円です。

資本金が1億円だった場合は、③の時点で対象外となり、④の140万円は生じません。資本金1円の差で結論が変わる境目がここにあります。

よくある質問

Q. 株主が5人いれば、同族会社にはなりませんか？

A. なります。法人税法2条10号が数えるのは株主の人数ではなく、株主等とその同族関係者を束ねた株主グループで、上位3グループまでの合計が発行済株式の50%を超えるかどうかで判定します。施行令4条1項により、株主等の親族、事実上婚姻関係と同様の事情にある者、個人株主の使用人、株主から受ける金銭等によって生計を維持している者、これらの者と生計を一にする親族は、同じグループに束ねられます。株主が5人でも、そのうち3人が親族であれば1グループに畳まれます。

Q. 「みなし役員」は法人税法の何条に書いてありますか？

A. 「みなし役員」という語は、法人税法にも法人税法施行令にも用いられていません。全文を取得して数えた結果はいずれも0回でした。実務でみなし役員と呼ばれているものは、法人税法2条15号が役員の範囲を政令に委任し、これを受けた法人税法施行令7条（見出しは「役員の範囲」）が定める者を指します。同条1号は法人の使用人以外の者でその法人の経営に従事しているもの、2号は同族会社の使用人のうち施行令71条1項5号イからハまでの要件を読み替えて満たし、経営に従事しているものです。

Q. 株式を持っていなければ、みなし役員になりませんか？

A. そうとは限りません。持株割合の要件が課されているのは法人税法施行令7条2号（同族会社の使用人）だけで、同条1号には持株要件がありません。1号は「法人の使用人（職制上使用人としての地位のみを有する者に限る。次号において同じ。）以外の者でその法人の経営に従事しているもの」と定めており、株式を保有していない相談役、顧問、非常勤の会長などであっても、経営に従事していれば役員の範囲に含まれます。また1号は同族会社に限定されていないため、非同族の法人にも適用されます。

Q. 同族会社なら、内部留保に必ず留保金課税がかかりますか？

A. かかりません。留保金課税の対象は法人税法67条1項の特定同族会社で、その入口である被支配会社は、株主等の「1人」とその特殊関係者が50%超を持つ会社をいいます（同条2項）。同族会社の判定が「3人以下」であるのに対し、こちらは1グループで50%超が必要です。さらに同条1項かっこ書きにより、資本金の額または出資金の額が1億円以下の会社は、法66条5項2号から5号までに掲げるもの（資本金5億円以上の大法人による完全支配関係がある普通法人など）および大通算法人に限って対象となります。資本金1億円以下で大法人の完全子会社等でもない会社は、対象になりません。

Q. 留保控除額の3つは、どれを選べばよいのですか？

A. 選ぶのではなく、3つを計算して最も多い金額を採ります。法人税法67条5項が「次に掲げる金額のうち最も多い金額をいう」と定めているためです。候補は、当該事業年度の所得等の金額の40%に相当する金額（1号）、年2,000万円（2号）、期末の利益積立金額（当該事業年度の所得等の金額に係る部分を除く）がその時の資本金の額または出資金の額の25%に相当する金額に満たない場合のその満たない部分の金額（3号）の3つです。なお事業年度が1年に満たない場合、2号の年2,000万円は12で除して事業年度の月数を乗じた金額に読み替えます（同条6項）。

Q. 持株を50%以下に分散させれば、同族会社から外れますか？

A. 外れるとは限りません。法人税法施行令4条5項により、判定は株式の数・金額のほか、施行令4条3項2号イからニまでに掲げる議決権のいずれかにつき総数の50%を超える数を有する場合、また持分会社では社員（業務を執行する社員を定めた場合は業務執行社員）の総数の半数を超える数を占める場合にも行われます。物差しが3つあり、いずれか1つに該当すれば同族会社となります。さらに同条6項により、ある者の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者がいる場合、その者が有する議決権は本人が有するものとみなして判定します。

Q. 行為計算否認は同族会社だけが対象ですか？

A. 同族会社だけではありません。法人税法132条1項は対象を2つ挙げており、1号が内国法人である同族会社、2号が、3以上の支店・工場その他の事業所を有し、かつその事業所の2分の1以上について、所長・主任その他の事業の主宰者またはその主宰者の親族その他の特殊の関係のある個人が、前にその事業所において個人として事業を営んでいた事実がある内国法人です。2号は同族会社であることを要件としていないため、非同族の法人も対象になり得ます。

Q. 自己株式を買い取ると同族会社の判定は変わりますか？

A. 変わることがあります。法人税法2条10号は、判定の分母となる発行済株式または出資の総数・総額から「その会社が有する自己の株式又は出資を除く」と定めており、株主側についても、その会社が自己の株式等を有する場合のその会社を株主等から除いています。自己株式を取得すると分母が小さくなるため、既存株主の所有割合は上昇します。判定が50%付近にある会社では、自己株式の取得によって同族会社に該当することになる場合があります。

出典

• e-Gov法令検索「法人税法」（昭和四十年法律第三十四号・340AC0000000034）。API v2 の law_data/{law_id} による全文取得（600,520字）と ?elm=Article_2 ほかの条単位取得により、2条10号（同族会社の意義。株主等の3人以下および政令で定める特殊の関係のある個人・法人が発行済株式等の100分の50を超える数・金額を有する場合その他政令で定める場合、判定の分母から自己株式を除く旨）、66条5項（軽減税率の不適用法人。相互会社、資本金5億円以上の大法人等による完全支配関係がある普通法人など）、67条1項各号（特定同族会社の特別税率。被支配会社であること、資本金1億円以下の場合の限定、年3,000万円以下＝10%、年3,000万円超1億円以下＝15%、年1億円超＝20%）、67条2項（被支配会社＝株主等の1人および特殊の関係のある個人・法人が50%超を有する会社）、67条3項（留保金額の意義）、67条4項（期末配当等の調整）、67条5項1号〜3号（留保控除額＝所得等の金額の40%、年2,000万円、利益積立金額が資本金の25%に満たない部分の金額のうち最も多い金額）、67条6項（事業年度が1年に満たない場合の月数按分）、132条1項1号・2号イ〜ハ（同族会社等の行為又は計算の否認）を確認した（2026年8月16日確認）
• e-Gov法令検索「法人税法施行令」（昭和四十年政令第九十七号・340CO0000000097）。API v2 による全文取得（1,184,221字）と条単位取得により、4条1項1号〜5号（同族関係者の範囲のうち個人。親族、事実上婚姻関係と同様の事情にある者、個人株主等の使用人、株主等から受ける金銭その他の資産によって生計を維持している者、これらと生計を一にする親族）、4条2項1号〜3号（同じく法人。判定会社株主等の一人が支配している他の会社と、その連鎖）、4条3項1号・2号イ〜ニ（「他の会社を支配している場合」＝発行済株式等の50%超、または事業の全部若しくは重要な部分の譲渡・解散・継続・合併・分割・株式交換・株式移転・現物出資に関する決議に係る議決権等の50%超）、4条5項（法2条10号の「政令で定める場合」＝議決権による判定および持分会社の社員の総数の半数超による判定）、4条6項（議決権の行使に同意している者の議決権を本人が有するものとみなす旨）、7条1号・2号（役員の範囲。使用人以外の者で経営に従事しているもの／同族会社の使用人のうち71条1項5号イ〜ハの「役員」を「使用人」と読み替えて要件をすべて満たし経営に従事しているもの）、71条1項1号〜5号および5号イ〜ハ（使用人兼務役員とされない役員。第1順位から第3順位までの株主グループを順次加算してはじめて50%を超える場合のそれらのグループに属すること、属する株主グループの所有割合が10%超、当該役員（配偶者およびこれらの者の所有割合が50%超である他の会社を含む）の所有割合が5%超）、71条2項（株主グループの定義）、71条3項（所有割合の定義。株式数・議決権・社員数の別）を確認した（2026年8月16日確認）
• 本記事における語の計数。上記2法令の全文テキストを e-Gov法令API v2 で取得して数えた結果、「みなし役員」は法人税法0回・法人税法施行令0回。同じテキストにおいて「同族会社」は35回・54回、「特定同族会社」は17回・29回、「被支配会社」は5回・3回、「経営に従事」は1回・13回、「株主グループ」は0回・18回であり、計数の経路が機能していることを確認したうえでの結果である（2026年8月16日確認）
• 本記事の試算の前提: 「実数で通す」の株主構成（社長40%、配偶者15%、弟8%、取引先20%、従業員持株会17%）、資本金1億5,000万円、所得等の金額8,000万円、法人税・地方法人税・住民税の合計2,400万円、期末配当1,000万円、および利益積立金額に関する仮定は、すべて説明のための仮定値である。留保金額および留保控除額の計算は法人税法67条3項・5項の構造に沿って簡略化して示したものであり、同条3項各号が定める受取配当等の益金不算入額の加算、欠損金の損金算入額の加算などの調整項目は反映していない
• 本記事で確認していないこと（断定を避けた範囲）: 「親族」の範囲について民法725条の条文そのもの（本記事は法人税法・同施行令のみを取得しており、6親等内の血族・配偶者・3親等内の姻族という範囲は一般に用いられている理解として記載した）、「経営に従事している」の具体的な判断基準（法人税法および同施行令には定義規定が置かれていない）、法人税基本通達の取扱い、みなし役員に該当した場合の役員給与の損金不算入の具体的計算（法人税法34条の各号の適用関係）、使用人兼務役員に係る使用人分給与の取扱い、留保金額の計算における法人税法67条3項各号の各調整項目の詳細、地方税法における法人住民税・法人事業税上の同族会社の取扱い、相続税法64条（同族会社等の行為又は計算の否認等）および所得税法157条との異同、租税特別措置法における中小企業向け特例の適用可否と同族会社判定との関係、ならびに個別の行為・計算が法人税法132条にいう「不当に減少させる結果となると認められるもの」に当たるかどうかの判断。これらは取得した条文の範囲内で確認できなかったか、本記事の主題を超えるため扱っていません。

本記事は一般的な情報提供であり、個別の税務相談ではありません。記載は2026年8月16日時点で確認した法令に基づいています。同族会社の判定、みなし役員への該当、留保金課税の要否および税額は、株主構成、資本金の額、事業年度、経営への従事の実態によって変わりますので、実際の判断にあたっては顧問税理士または所轄の税務署へご確認ください。