NISAと確定申告 — 譲渡益は37条の14、配当は9条の8。配当だけ受取方法の条件があり、外すと20.315%課税される
結論から言うと、NISA口座の中で完結しているかぎり確定申告は要りません。売っても、配当を受け取っても、所得税を課さないと条文が書いているので、そもそも申告する所得が発生しません。
ただしこれは「NISA口座に入れれば何でも非課税になる」という意味ではありません。NISAの非課税は1本の条文ではなく2本あり、条文が違えば条件も違います。売却益の非課税は租税特別措置法37条の14、配当の非課税は同9条の8です。そして条件が付いているのは配当のほうだけです。9条の8には、売却益の条文には存在しない「受け取り方」の条件があり、これを外すと同じNISA口座の同じ株なのに20.315%が源泉徴収されます。
この記事は、NISAでも課税されてしまう場面と、そのとき確定申告で取り返せるのか（結論としては、多くの場合取り返せません）を、条文の側から整理したものです。口座の側の話——特定口座で申告が要るのか要らないのかは 特定口座（源泉徴収あり）と確定申告 に、配当をどの課税方式で申告するかは 配当金の確定申告 に分けてあります。
非課税の条文は2本ある — 売却益と配当は別の条文
NISAという言葉は法令に出てきません。条文上は非課税口座といい、その口座に置いた上場株式等について、次の2本が別々に非課税を定めています。
| 何が非課税か | 条文 | 見出し | 付いている条件 |
|---|---|---|---|
| 売却益（譲渡所得等） | 措置法37条の14第1項 | 非課税口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税 | 受け取り方の条件はない |
| 配当・分配金（配当所得） | 措置法9条の8 | 非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得の非課税 | 支払の取扱者の条件と3%の条件がある |
この構造は、実務上の落とし穴がなぜ配当側に偏るのかをそのまま説明します。売却は必ず証券会社を通るので、経路を間違えようがありません。ところが配当は証券会社を通さずに受け取る方法が制度として用意されているため、経路を外す余地がある。だから条件は配当の条文にだけ書かれています。
「NISAだから非課税」ではなく「この条文の要件を満たすから非課税」
NISA口座に入っていることは要件の一部でしかありません。9条の8は、非課税口座に入っていることに加えて、①支払の取扱者が政令で定めるものであること ②3%以上の株主が受け取るものでないこと、の2つを重ねて要求しています。どちらかを外した配当は、NISA口座の中にありながら課税されます。
配当だけにある条件 — 受け取り方が証券会社を経由していること
9条の8は、非課税になる配当等を次のように限定しています。地の文でいえば、その金融商品取引業者等が国内における支払の取扱者で政令で定めるものである場合に限る、という限定です。ここから政令・省令へ3段でつながっていきます。
受けた租税特別措置法施行令5条の2の2は、次のように定めています。
法第九条の八に規定する政令で定める支払の取扱者は、同条各号に掲げる配当等の支払を受ける者の当該配当等の受領の媒介、取次ぎ又は代理（業務として又は業務に関連して国内においてするものに限る。）をする者で財務省令で定めるものとする。
さらに受けた同法施行規則5条の5の2が、その財務省令で定めるものを次のように定めます。
施行令第五条の二の二に規定する財務省令で定めるものは、次の各号のいずれかに掲げるものとする。
その1号が、社債、株式等の振替に関する法律2条4項に規定する口座管理機関です。同項は口座管理機関を、同法44条1項の規定による口座の開設を行った者などと定義しています。あなたが株式の振替口座を開いた相手——普通は取引している証券会社そのものです。
つまり条文が要求しているのは、配当金が証券会社を経由して口座に入ってくることです。証券会社の口座に入金される受取方法が、いわゆる株式数比例配分方式です。これ以外の受取方法を選んでいると、証券会社は受領の媒介も取次ぎもしていないので、9条の8の要件を満たしません。
| 配当金の受取方法 | お金の入り口 | 証券会社は経由するか | NISA口座の株の配当 |
|---|---|---|---|
| 株式数比例配分方式 | 証券会社の口座 | する（口座管理機関） | 非課税 |
| 登録配当金受領口座方式 | 指定した銀行口座 | しない | 課税（20.315%を源泉徴収） |
| 個別銘柄指定方式 | 銘柄ごとに指定した銀行口座 | しない | 課税（同上） |
| 配当金領収証方式 | 郵便局等の窓口で現金化 | しない | 課税（同上） |
条文が見ているのは口座の名前ではなく、お金の通り道
9条の8から施行規則5条の5の2まで3段たどって出てくる要件は、どれも誰が配当の受領を媒介・取次ぎ・代理したかという経路の話です。NISA口座に入っているかどうかとは独立した条件なので、口座の側でいくら正しく設定していても、配当の通り道が証券会社を経由していなければ要件を満たしません。非課税が外れる操作が、NISA口座の画面の外で行われうるのが厄介なところです。
そして重要なのは、ここで取られた20.315%は確定申告をしても戻ってこないということです。取られ方は課税口座の上場株式配当と同じですから、申告してもできるのは配当控除や総合課税との比較といった通常の選択だけで、「本来NISAだったから返してほしい」という筋道は条文上ありません。要件を外した時点で、その配当はNISAの配当ではなくなっています。
3%以上を持っている人はNISAでも非課税にならない
9条の8のもう1つの条件は、株の持ち分です。1号イは、非課税になる配当等を次のように書いています。
第三十七条の十一第二項第一号に掲げる株式等の配当等で、内国法人から支払がされる当該配当等の支払に係る第八条の四第一項第一号に規定する基準日においてその内国法人の発行済株式（同号に規定する発行済株式をいう。）又は出資の総数又は総額の百分の三以上に相当する数又は金額の株式又は出資を有する者が当該内国法人から支払を受けるもの以外のもの
読みにくいのは末尾が二重否定になっているからで、要するに3%以上を持っている人が受け取る配当は非課税にならない、ということです。この人の配当は、NISA口座にあっても課税口座の配当と同じ扱いになります。しかも上場株式等の配当の軽減税率（措置法9条の3）も外れるので、源泉徴収は20.42%（所得税20%＋復興特別所得税）となり、申告分離課税も選べず総合課税で申告することになります。
個人投資家にはまず関係のない話に見えますが、自社株を持っているオーナー社長や創業メンバーには実際に起きます。上場したばかりの会社で持ち株比率が高いまま、自社株をNISAの成長投資枠に入れているようなケースです。
3%判定は措置法に3通りある — 借りているのは定義だけ
ここが、この記事でいちばん踏み込んだ一段です。3%という同じ数字が、租税特別措置法の中で3つの別々の条文に書かれており、判定の仕方が揃っていません。
措置法の全文を機械で走査すると、100分の3以上という文言は4か所に現れます。うち2か所は8条の4第1項1号の中（本文とかっこ書き）なので、判定としては次の3つです。
| 条文 | 何を決めるか | 同族会社の持ち分と合算するか |
|---|---|---|
| 措置法9条の3第1号 | 配当の源泉徴収税率（15%か20%か） | 合算しない（本人の持ち分だけ） |
| 措置法8条の4第1項1号 | 申告するときに申告分離課税を選べるか | 合算する（かっこ書きで明記） |
| 措置法9条の8第1項1号イ | NISAの配当が非課税になるか | 合算しない |
9条の8が紛らわしいのは、8条の4第1項1号を引用しているのに、引用しているのは定義だけだからです。上に引いた条文をもう一度見ると、8条の4から借りているのは基準日と発行済株式の2語の定義であって、その直後の「3%以上を有する者」という判定は9条の8が自分の言葉で書いています。合算のかっこ書きは付いてきません。
合算してはじめて3%に届く人には、条文ごとに違う結論が出る
本人の持ち分は3%未満だが、自分が支配している同族会社の持ち分を足すと3%以上になる——という人を考えます。この人の扱いは条文ごとに割れます。
- 源泉徴収（9条の3）… 合算しないので3%未満。軽減税率15.315%で天引きされる
- 申告方式（8条の4）… 合算するので3%以上。申告分離課税は選べず、総合課税だけ
- NISA（9条の8）… 合算しないので3%未満。非課税のまま
逆に、本人だけで3%以上を持っている人は3つとも3%以上と判定され、NISAに入れても非課税になりません。自分がどちらのタイプかで、NISAが効くか効かないかが変わります。
ついでに用語の話をしておくと、大口株主等という呼び名は9条の3が置いた見出しであって、全部の条文で通用する呼称ではありません。9条の3第1号は、3%以上を有する個人を大口株主等と呼ぶと定めたうえで、その呼び名が使える範囲を次条1項に限っています。8条の4も9条の8も、この語を使わずに要件を書き下しています。大口株主等かどうか、という聞き方をすると、どの条文の話をしているのかが消えてしまうので、実務では条文を指して確かめるのが安全です。
損失は「ないものとみなす」 — 申告しても救えない
NISAで損をしたときに確定申告で取り返せないか、という質問が最も多いところです。答えは条文にはっきり書かれています。37条の14第2項です。
非課税上場株式等管理契約、非課税累積投資契約又は特定非課税累積投資契約に基づく非課税口座内上場株式等の譲渡による収入金額が当該非課税口座内上場株式等の所得税法第三十三条第三項に規定する取得費及びその譲渡に要した費用の額の合計額又はその譲渡に係る必要経費に満たない場合におけるその不足額は、所得税に関する法令の規定の適用については、ないものとみなす。
売った金額が取得費と譲渡費用の合計に足りない場合、つまり損が出た場合、その不足額はないものとみなすと書いてあります。「非課税だから申告しなくてよい」ではなく、所得税の世界に損失そのものが存在しないことにするという書き方です。したがって、
- 他の証券会社の課税口座で出た利益と損益通算できない（措置法37条の12の2の損益通算は、存在する損失を前提にしている）
- 翌年以降3年間の繰越控除もできない（同条5項も同じ）
- 同じNISA口座の中で出た他の銘柄の利益とも通算しない（もっとも、そちらは非課税なので実害はありません）
非課税制度の裏側は「損の切り捨て」
NISAは、利益が出たときに税金がかからない代わりに、損が出たときに税制上の救済を一切受けられない制度です。一般に、同じ銘柄を課税口座で持っていれば、損失は損益通算と3年繰越の対象になります。NISAで得をするか損をするかは、非課税になった税額と、切り捨てた損失で本来減らせたはずの税額との差で決まります。この比較は、口座を選ぶ時点では誰にも分かりません。
払い出すと、その日の値段で買い直したことになる
損失の切り捨てと組み合わさって、いちばん実害が出やすいのが払い出しです。37条の14第4項は、NISA口座から株式等が出ていったときの扱いを定めています。課税口座への移管、返還、口座の廃止といった事由が起きた場合の部分を引くと、次のとおりです。
当該移管、返還又は廃止による払出しがあつた時に、その払出し時の金額をもつて当該移管、返還又は廃止による払出しがあつた非課税口座内上場株式等の数に相当する数の当該非課税口座内上場株式等と同一銘柄の株式等を取得したものと
払出し時の金額——つまり出ていった日の時価——で買い直したものとみなす、という規定です。買ったときの値段は引き継がれません。ここに第2項の損失切り捨てが重なると、次のことが起きます。
| 時点 | できごと | 金額 | 税務上の扱い |
|---|---|---|---|
| 1年目 | NISAで購入 | 100万円 | — |
| 5年目 | 値下がりしたまま課税口座へ移管 | 60万円 | 40万円の損はないものとみなす（2項） 60万円で取得したものとみなす（4項） |
| 8年目 | 元の値段に戻ったところで売却 | 100万円 | 取得費60万円との差40万円が譲渡益 20.315%＝81,260円の課税 |
買値100万円のものを100万円で売っているので、この人は1円も儲けていません。それでも81,260円の税金がかかります。損は消され、その消えた分がそのまま将来の利益として課税されるという形です。課税口座で同じ取引をしていれば、40万円の損失は損益通算と3年繰越の対象になり、8年目の40万円の利益と相殺できた可能性がありました。
これは制度の欠陥ではなく、非課税の対称的な帰結
もし払出し時の時価ではなく元の取得価額を引き継ぐ設計にすると、NISA期間中の値上がり分に課税口座で税金がかかることになり、非課税だったはずの利益が後から課税されてしまいます。払出し時の時価で引き継ぐのは、非課税期間中の値動きを税務の世界から完全に切り離すための規定です。値上がりしている人にとってはこれが有利に働き、値下がりしている人には不利に働く。有利不利が反転するだけで、条文は一貫しています。
なお同項2号は、贈与・相続・遺贈で払い出された場合について、受け取った人がその払出し時の金額で取得したものとみなすと定めています。亡くなった人のNISA口座の含み益が相続人に引き継がれて後から課税される、ということはありません。ただしNISA口座そのものは引き継げず、相続人の課税口座に移ります。
積立シミュレーターで、非課税と課税口座の差を試算する枠は時価ではなく「取得対価の額」で数える
非課税の枠がいくらかは、37条の14第5項が勘定の定義の中に書き込んでいます。金額は条文から拾うと次のとおりです。
| 勘定（一般的な呼び名） | 年間の上限 | 残高の上限 |
|---|---|---|
| 特定非課税管理勘定（成長投資枠） | 240万円 | 1,200万円 |
| 特定累積投資勘定（つみたて投資枠） | 120万円 | — |
| 2つの合計 | 360万円 | 1,800万円 |
ここで見落とされやすいのが、枠を食う金額は時価ではなく取得対価の額（購入した場合はその購入の代価の額）だという点です。条文は上限の判定をすべてこの取得対価の額の合計額で書いています。したがって、
- 買った株が2倍になっても、使った枠は買値のまま。値上がりで枠が圧迫されることはない
- 売却して枠が空くのも買値の分だけ。100万円で買って150万円で売っても、翌年戻ってくる枠は100万円
- 他の口座から移管で受け入れた場合だけは例外で、条文はその移管に係る払出し時の金額で数えると定めている。移管は買値ではなく移管日の時価で枠を食う
残高の側も同じ考え方で、前年12月31日時点で受け入れている上場株式等の購入の代価の額に相当する金額を基準額として、そこに当年の受入額を足して1,800万円・1,200万円と比べます。時価の合計が1,800万円を超えても、枠を超えたことにはなりません。
結局、いつ確定申告が要るのか
NISA口座に関して確定申告が要る場面／要らない場面
| 場面 | 確定申告 | 理由 |
|---|---|---|
| NISA口座内で株式・投資信託を売って利益が出た | 不要 | 37条の14第1項で所得税を課さない |
| NISA口座内で損が出た | 不要かつ無意味 | 37条の14第2項で損失はないものとみなす |
| 株式数比例配分方式を選んで配当を受け取った | 不要 | 9条の8で所得税を課さない |
| 他の受取方法で配当を受け取り、20.315%を引かれた | 選択できる | 課税口座の上場株式配当と同じ扱い。申告不要制度も申告分離も総合課税も選べるが、NISAを理由に取り返す方法はない |
| 3%以上を保有する会社の配当を受け取った | 必要 | 9条の8の非課税から外れ、9条の3の軽減税率も外れる。総合課税で申告する |
| 課税口座へ移管したあと売却して利益が出た | 口座による | 移管後は普通の上場株式等。特定口座（源泉徴収あり）なら原則不要 |
| NISA口座の外国株から外国の税金を引かれた | できない | 国内で課税されていないため外国税額控除の対象にならない。外国税額控除を参照 |
整理すると、NISAで確定申告が要る場面は、いずれも「NISAの非課税から外れた」場面です。外れていないかぎり申告する所得は生じず、外れたあとは普通の上場株式等として扱われます。「NISAだから申告不要」ではなく「非課税の要件を満たしているから所得がない」と理解しておくと、迷ったときに条文に当たれます。
年初に一度だけ確かめておくとよいこと
この記事で挙げた事故のうち、自分の操作で防げるのは受取方法だけです。証券会社の口座画面で配当金の受取方法が株式数比例配分方式になっているかを確認する——これだけで、NISAの配当が課税されるという事故は避けられます。3%の判定も、損失の切り捨ても、払出し時の金額も、いずれも条件が成立した時点で自動的に決まってしまい、あとから選び直す余地がありません。選べるうちに選んでおけるのは経路だけです。
よくある質問
Q. NISA口座しか持っていません。確定申告は必要ですか？
A. NISA口座の中だけで取引が完結していて、配当を株式数比例配分方式で受け取っているなら、確定申告は必要ありません。措置法37条の14第1項と9条の8が所得税を課さないと定めているため、申告すべき所得がそもそも発生しないからです。他に給与以外の所得がある場合は、そちらの事情で申告が必要になることはあります。
Q. NISAで大きな損が出ました。他の口座の利益と相殺できませんか？
A. できません。措置法37条の14第2項が、NISA口座内の譲渡で生じた不足額を所得税に関する法令の適用上ないものとみなすと定めているためです。損失が存在しないものとして扱われるので、損益通算の対象にも、翌年以後3年間の繰越控除の対象にもなりません。確定申告をしても結論は変わりません。
Q. 配当金を銀行口座で受け取っていました。NISAなのに税金が引かれています。
A. 措置法9条の8は、非課税になる配当等を、証券会社などの支払の取扱者を経由して受け取るものに限っています。銀行口座で受け取る方式や配当金領収証方式では、この要件を満たさないため課税されます。取られた税金をNISAを理由に取り戻す規定はありません。受取方法を株式数比例配分方式に変更すると、それ以後の配当は非課税になります。
Q. 値下がりしたまま非課税期間が終わると、どうなりますか？
A. 措置法37条の14第4項により、課税口座へ移管された時点の時価で取得したものとみなされます。買値との差である含み損は同条2項でないものとみなされて消え、その後値が戻って売却すると、移管時の時価との差額が譲渡益として課税されます。買値に戻っただけでも税金がかかる形になります。
Q. NISAの枠は、株が値上がりすると減りますか？
A. 減りません。措置法37条の14第5項は、年間の上限も残高の上限も、取得対価の額（購入した場合はその購入の代価の額）の合計額で判定すると定めています。時価ではなく買値で数えるため、値上がりしても使った枠は変わりません。ただし他の口座から移管で受け入れた分だけは、移管に係る払出し時の金額で数えます。
Q. 自社株をNISAに入れています。持ち株比率が高いと問題がありますか？
A. 措置法9条の8第1項1号イは、配当の支払に係る基準日にその会社の発行済株式等の3%以上を有する者が受け取る配当を非課税の対象から除いています。3%以上を保有している場合、NISA口座にあっても配当は課税され、措置法9条の3の軽減税率も適用されないため20.42%が源泉徴収されます。なお売却益のほうは37条の14に持ち株比率の条件がないため、非課税のままです。
出典
- e-Gov法令検索「租税特別措置法」（昭和三十二年法律第二十六号・
332AC0000000026）。API v2 で取得したリビジョン332AC0000000026_20260812_508AC0000000064（施行日2026年8月12日＝現行）により、9条の8（非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得の非課税。柱書の「当該金融商品取引業者等が国内における支払の取扱者で政令で定めるものであるものに限る」という限定、1号イの100分の3以上を有する者が支払を受けるもの以外のものに限る旨、1号ロハ・2号〜4号の各勘定と対象）、9条の3第1号（上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率の100分の15への軽減。3%以上を有する個人を大口株主等と呼び、その呼称を次条1項に限る旨）、8条の4第1項1号（申告分離課税の対象から、3%以上を有する者〈同族会社に該当することとなる法人と合算して3%以上となる者を含む〉が支払を受けるものを除く旨）、37条の14（1項の譲渡所得等の非課税、2項の不足額を「ないものとみなす」旨、4項の払出し時の金額により譲渡・取得があったものとみなす旨と1号の移管・返還・廃止／2号の贈与・相続・遺贈、5項の各勘定の定義に置かれた240万円・120万円・1,800万円・1,200万円の限度額と、それらを「取得対価の額」「購入の代価の額」の合計額で判定する旨）を確認した（2026年8月27日確認）。★措置法は改正で条番号が別の制度に付け替わるため、令和8年12月1日施行のリビジョン332AC0000000026_20261201_508AC0000000012も取得して37条の14の全文テキストを突き合わせ、両リビジョンで同一であることを確かめた。★「百分の三以上」の出現箇所は本文の全文走査で4か所（8条の4第1項1号の本文とかっこ書き、9条の3第1号、9条の8第1項1号イ）であり、目視ではなく機械で数えている - e-Gov法令検索「租税特別措置法施行令」（昭和三十二年政令第四十三号・
332CO0000000043・リビジョンの施行日2026年7月31日）。5条の2の2（非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得の非課税。法9条の8に規定する政令で定める支払の取扱者を、配当等の受領の媒介、取次ぎ又は代理をする者で財務省令で定めるものとする旨）を確認した（2026年8月27日確認） - e-Gov法令検索「租税特別措置法施行規則」（昭和三十二年大蔵省令第十五号・
332M50000040015・リビジョンの施行日2026年7月31日）。5条の5の2（施行令5条の2の2に規定する財務省令で定めるものを、1号の社債、株式等の振替に関する法律2条4項に規定する口座管理機関、2号の一定の要件を満たす者とする旨）を確認した（2026年8月27日確認） - e-Gov法令検索「社債、株式等の振替に関する法律」（平成十三年法律第七十五号・リビジョンの施行日2026年5月21日）。2条4項（口座管理機関を、44条1項の規定による口座の開設を行った者及び同条2項に規定する場合における振替機関と定義する旨）を確認した。★同条は1項が社債等の定義（12号に株式）、2項が振替機関、3項が加入者、5項が振替機関等の定義で、口座管理機関は4項であることを木構造から確認している（2026年8月27日確認）
この記事は一般的な情報提供であり、個別の税務相談や、特定の金融商品・口座・投資判断を勧めるものではありません。NISAと課税口座のどちらが有利かは、保有期間中の値動き、他の口座の損益、繰越損失の有無によって変わり、事前には確定しません。実際の申告や口座の設定にあたっては、税理士・所轄の税務署・取引している金融商品取引業者にご確認ください。