確定申告すると住民税はどうなる？第二表の確認欄と通知までの流れ

公開日: 2026年11月6日

文責: Masahiro Yasu（クリニック・EC事業の経営者／経理実務者）

前年分の所得税の確定申告をすると、その内容は自治体へ送られ、所得が生じた年の翌年度の住民税の計算に使われます。

ただし、住民税だけに必要な情報は第二表の該当欄に記入します。申告が済んだら、控えを保存し、後日届く住民税の通知書で所得・控除・徴収方法を確認します。別途申告が必要な寄附などの例外は、下の「申告を兼ねる範囲」で説明します。

申告から住民税の通知までの流れ

確定申告書に表示される納付額・還付額と、自治体が通知する住民税額は別です。所得税の申告で還付になったからといって、住民税も同じ金額が戻るわけではありません。

前年分の所得税を確定申告し、勤務先で給与の住民税を継続して特別徴収する人の通常の流れです。退職・転職、年度途中の通知や税額変更は、届いた通知の内容に従います。

勤務先が当該年度の5月31日までに税額通知を受け取った給与所得者で、通知税額が均等割額相当を超え、給与を継続して受ける場合は、6月から翌年5月まで給与から徴収します。ただし、通知税額が均等割額以下なら最初の月に全額を徴収し、年度途中の通知や退職などでは扱いが変わります。

根拠は地方税法321条の4と同321条の5です。本人が納付書などで納める普通徴収や、年金からの徴収は、自治体の通知書に記載された時期・方法を確認します。

確定申告が住民税申告を兼ねる範囲

住所に係る前年分の所得税の確定申告書の提出は、政令で除かれる場合と先に住民税申告書を提出した場合を除き、住民税の申告書の提出とみなされます。道府県民税は地方税法45条の3、市町村民税は同317条の3が根拠です。

申告済みとみなす記載事項には省令による除外があります。先に住民税を申告してから所得税の申告内容を変えた場合は、後の内容がどう処理されるか自治体に確認します。

別途申告が必要な例は、認定NPO法人等以外のNPO法人等への寄附で、住所地の条例により住民税の寄附金税額控除の対象となるものです。国税庁の住民税の記入案内は、この場合は別途、市区町村への申告が必要と説明しています。

確定申告をしない人の住民税申告は、別の確認です。給与以外の所得がある人は副業の住民税申告、退職後に収入がなかった人は無職・無収入の場合の申告で、申告要否と用意する資料を確認できます。

第二表で確認する住民税用の事項

所得税の計算が終わっても、該当する住民税用の欄を空欄のまま提出しないようにします。国税庁「住民税、事業税に関する事項」は、所得税と取扱いが異なる事項の記入を求めています。

次は、令和7年分の確定申告の手引きで確認できる第二表の主な記入欄です。該当する欄を確かめるための一覧で、徴収方法の行は年金を受け取らない給与所得者を想定します。別の年分を申告するときは、その年分の様式・手引きを使います。

配当・親族の各欄には対象者や記入条件があります。表の名称だけで判断せず、国税庁の各欄の説明を開きます。所得税で申告不要を選んだ非上場株式の少額配当等も、住民税用の記入対象となる点に注意してください。

ふるさと納税は申請済みの寄附も取り込む

医療費控除などのために確定申告する場合も、ふるさと納税のワンストップ申請は無効となるので、申請済みの寄附を含めて申告します。控除の確認手順はふるさと納税の控除確認で扱っています。

寄附欄は領収書の発行元だけでは分類できない場合があります。災害義援金は最終的な拠出先、地方公共団体への寄附は寄附日の総務大臣指定を確認します。共同募金会・日赤支部や条例指定寄附は、申告する年分に対応する住所地の条件も確認します。

「自分で納付」で選べる所得を分ける

年金を受け取らない会社員が、給与以外の事業・雑所得などの所得割を普通徴収にしたい場合は、徴収方法の選択欄で「自分で納付」を選びます。副業のアルバイト代などの給与は、その欄で普通徴収に分離する対象ではありません。

給与の支給間隔などで特別徴収が著しく困難な人や、特別の事情がある市町村には法令上の例外があります。また、公的年金の所得がある人は年齢や年金の徴収制度によって選択範囲が異なります。これらは国税庁の徴収方法の説明と自治体の案内を併せて確認します。

町田市の申告案内も、給与以外の所得について普通徴収を希望する場合は、その希望を記入した申告書の提出を案内しています。すでに給与からの徴収が始まった後は、選択欄だけを直せば切り替わるとは考えず、自治体に変更の可否と手続きを確認します。

期限後申告で住民税への反映が遅れるとき

期限後の確定申告では、自治体にデータが届くまで時間がかかる場合があります。通知書に申告した控除が見当たらないときは、まず申告控えで対象年分・住所・記入内容と提出済みであることを確認し、課税する自治体に反映状況を尋ねます。

富里市の場合、確定申告書の「1月1日の住所」に同市の住所を記入した人について、税務署からデータが届くと説明しています。期限後申告を早く反映させたい人には、提出済みと確認できる確定申告書の控えを課税課へ提出するよう市のFAQで案内しています。

これは富里市の取扱いで、全国共通の控え提出義務ではありません。自分の自治体で必要な資料を確認します。申告書をもう一度作って出す前に、データの到着待ちか、記入漏れか、適用できない控除かを分けると、重複提出を避けやすくなります。

「遅れる」と「特例に間に合わない」は別

一部の特例は、住民税の納税通知書が送達される前の申告が要件です。長岡京市の案内には、株式や先物取引の損失の特例、居住用財産の譲渡に関する特例などが挙げられています。

そのため、期限後申告は待てばどの特例も反映される、とはいえません。損失の繰越や居住用財産の軽減税率などを使う場合は、通常の控除の反映遅延と分け、提出前に該当特例の申告期限を確認します。期限後申告の全項目が反映されないという意味でもありません。

通知書が届いたら申告控えと照合する

所得税の還付金の入金を確認した後も、住民税の通知書は別に確認します。通知書の見方は住民税決定通知書の読み方で説明しています。

勤務先の給与担当者は、本人の確定申告を推測して月割額を変更するのではなく、自治体から届いた通知で給与への反映を確認します。年末調整と住民税の情報連携は年末調整と住民税の関係に分けて説明しています。

計算機は対応年度・所得や控除の範囲を確認して使います。実際の税額・納付方法は自治体の通知書で確認してください。

よくある質問

確定申告の後に住民税申告も必要ですか？

前年分の所得税の確定申告をした通常のケースでは、同じ所得を重ねて住民税申告する必要はありません（政令の除外や先行する住民税申告を除く）。住民税の必要事項は第二表に付記し、省令による記載事項の除外や、条例指定の認定NPO法人等以外への寄附などの別途申告が必要なものは、自治体の取扱いを確認します。

確定申告で還付なら住民税も戻りますか？

所得税の還付だけでは、住民税の還付は決まりません。自治体が申告された所得・控除などを基に住民税を別に計算するので、住民税の通知書で税額と反映内容を確認します。

給与の住民税も「自分で納付」にできますか？

第二表の給与・公的年金等以外の所得に係る選択欄では、給与分を普通徴収に指定できません。特別徴収が著しく困難な場合などの法令上の例外は、自治体に取扱いを確認します。

期限後の確定申告をすれば住民税はすぐ変わりますか？

すぐに変わるとは限りません。自治体へデータが届くまで時間がかかる場合があるので、提出済みの申告控えを用意して反映状況を確認します。また、一部の特例は納税通知書送達前の申告が要件で、単なる反映待ちとは分けて確認が必要です。

出典

• e-Gov法令検索「地方税法」45条の3・313条・317条の3・318条・321条の3〜5
• 国税庁「令和7年分 確定申告の手引き」手順6・住民税、事業税に関する事項
• 国税庁「令和7年分 確定申告の手引き」住民税の記入事項
• 町田市「個人住民税の申告について」
• 富里市の確定申告と住民税申告の違い
• 長岡京市「個人住民税に確定申告の内容を反映するためには期限があります」

本記事は一般的な情報提供を目的としたもので、個別の税務相談には応じられません。実際の申告・徴収の取扱いは課税する市区町村、所得税の申告判断は税務署・税理士にご確認ください。