年末調整と住民税の関係｜住民税は年末調整で精算されない・給与支払報告書で翌年度に届くしくみ

公開日: 2026年10月9日

文責: Masahiro Yasu（クリニック・EC事業の経営者／経理実務者）

結論から言うと、年末調整で精算するのは所得税（復興特別所得税を含みます）で、住民税は年末調整では精算されません。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、年末調整を、その年に納めるべき税額を計算し、それまでに徴収した税額との過不足額を徴収または還付して精算する手続と説明しています。

給与から徴収する住民税（特別徴収）は、会社が市区町村に出す給与支払報告書などをもとに市区町村が税額を決め、会社は市区町村から通知された額を給与から徴収します（地方税法317条の6・321条の4・321条の5）。年末調整で申告した扶養親族や保険料の内容は、会社が給与支払報告書を市区町村に提出した場合、その報告書を通って、翌年度の住民税に届きます。

この記事は、年末調整の内容が住民税に届くまでの道筋、申告した控除の映り方、年末調整で受けられない控除の扱い、年末調整をやり直したときの扱いを、地方税法の条文と国税庁の手引で順に確かめます。毎月の徴収と納入の事務は住民税の特別徴収の記事、給与支払報告書の出し方は給与支払報告書の記事にまとめています。

年末調整で精算するのは所得税 — 住民税は入らない

毎月の給与から源泉徴収した所得税の合計は、その年に納めるべき税額と一致しないのが通常です。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、この不一致を精算するために、1年間の給与総額が確定する年末にその年に納めるべき税額を計算し、それまでに徴収した税額との過不足額を求めて、その差額を徴収または還付する手続を年末調整と呼ぶ、と説明しています（同じ資料は、年の中途で死亡により退職した人など一部の区分の人については、退職の時または非居住者となった時に年末調整を行うとしています）。

住民税の所得割は、地方税法313条1項が「前年の所得について算定した」所得金額を課税標準にすると定めていて、税額を決めて通知するのは市区町村です（地方税法321条の4）。給与から徴収する住民税について会社がするのは、通知された額を給与の支払のときに徴収して市区町村に納入することです（地方税法321条の5）。会社が住民税の年税額を計算し直す手続は、年末調整の中にありません。

年末調整で戻ってくるお金（還付金）は、源泉徴収された所得税の納めすぎの分です。年末調整の計算に住民税は入らないので、年末調整の還付金に住民税の分は含まれません。還付金のしくみは年末調整の還付金の記事で説明しています。

年末調整の内容が住民税に届く道筋

会社が給与支払報告書を市区町村に提出する人について、年末調整の内容は、次の順に住民税に届きます（年の中途で退職した人の分で、地方税法317条の6第3項ただし書により提出を省略できる場合は別です）。

1. 会社が年末調整をする。年末調整の対象になる人について、その年の所得税（復興特別所得税を含みます）を精算します。申告書と添える書類は年末調整の必要書類の記事にまとめています。
2. 会社が給与支払報告書を市区町村に出す。地方税法317条の6第1項は、1月1日現在で給与の支払をする者のうち所得税の源泉徴収義務がある者に、給与の支払を受けている人の前年中の給与所得の金額などを書いた給与支払報告書を、その人の1月1日現在の住所地の市区町村に、1月31日までに出すよう義務づけています。
3. 市区町村が税額を決めて通知する。地方税法321条の4第2項は、給与から徴収する住民税の税額の通知を、市区町村長がその年度の初日の属する年の5月31日までに、会社と、会社を経由して本人にしなければならないと定めています（給与支払報告書が期限までに出されなかったなどやむを得ない理由で5月31日までに通知できなかったときは、同条3項により、通知のあった月の翌月から翌年5月までに徴収することが不適当と認められる場合を除き、5月31日より後に通知することを妨げないとされています）。
4. 会社が給与から徴収する。地方税法321条の5第1項により、会社は、5月31日までに通知を受け取ったときは、通知された税額の12分の1を、6月から翌年5月まで給与の支払のときに毎月徴収します（5月31日より後に通知を受け取ったときは、通知のあった月の翌月から翌年5月までの月数で割った額を毎月徴収し、通知された税額が均等割額に相当する金額以下のときは、最初に徴収する月に全額を徴収します）。年度の途中で退職するなどして会社から給与の支払を受けなくなった人の残りの税額の扱いは、同条2項が別に定めています（退職後の住民税の記事で説明しています）。

令和8年分の給与の年末調整を例にします。国税庁の「給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」（令和8年分）は、令和8年分の給与支払報告書の提出期限を令和9年2月1日（月）としています。この給与支払報告書をもとに決まるのは令和9年度分の住民税で、会社は、令和9年5月31日までに通知を受け取ったときは、令和9年6月から令和10年5月までの給与から徴収します（通知された税額が均等割額に相当する金額以下のときは最初に徴収する月に全額を徴収し、途中で会社から給与の支払を受けなくなった人の残りの税額は地方税法321条の5第2項の定めによります）。

年末調整で申告した控除は給与支払報告書を通って住民税に映る — 控除額は別に決まる

総務省は、個人住民税の所得割を、所得金額から基礎控除や扶養控除などの所得控除を引いた課税所得金額に税率を掛け、そこから税額控除を引いて計算すると説明しています。年末調整で申告した扶養親族や保険料の内容は、会社が市区町村に提出した給与支払報告書に書かれて市区町村に届き、住民税の所得控除の計算に使われます。

ただし、住民税の所得控除の額は地方税法314条の2が所得税法とは別に定めています。総務省は、所得控除の種類は基本的に所得税と同様としたうえで、「所得税の方が個人住民税よりも控除額が大きいものが多くなっています」と説明しています。同じ名前の控除でも、源泉徴収票に書いてある所得税の控除額がそのまま住民税の控除額になるとは限りません。控除ごとの額の違いは所得控除の一覧の記事に対照表があります。

住民税のためだけに申告する事項がある

国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）によると、扶養控除等申告書の用紙は、地方税法の規定による「給与所得者の扶養親族等申告書」と統合した1枚の様式です。地方税法317条の3の2は、この申告書を、給与の支払者を経由して住所地の市区町村長に出すものと定めています。

• 年齢16歳未満の扶養親族。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、年齢16歳未満の扶養親族は所得税の控除対象扶養親族に該当しないとしたうえで、扶養控除等申告書の「住民税に関する事項」欄の記載事項なので記載漏れのないよう注意を求めています。
• 「退職手当等を有する配偶者・扶養親族・特定親族」欄。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、令和9年分の扶養控除等申告書について、住民税では扶養親族等の要件とされる所得の金額に退職所得の金額を含めないとしたうえで、「住民税に関する事項」に、源泉徴収される退職手当等の支払を受ける配偶者（給与の支払を受ける人と生計を一にする配偶者で、令和9年中の退職所得を除いた合計所得金額の見積額が133万円以下であるものに限ります）、扶養親族または特定親族を記載するとしています。同じ資料によると、令和9年分の扶養控除等申告書では、源泉徴収される退職手当等の支払を受ける年齢16歳未満の扶養親族について、退職所得を含む所得の見積額が62万円を超える場合は、「16歳未満の扶養親族」欄には記載せず、「退職手当等を有する配偶者・扶養親族・特定親族」欄のみに記載します。同じ資料によると、退職所得を除くと令和9年中の合計所得金額の見積額が62万円以下となる扶養親族（源泉徴収される退職手当等の支払を受ける扶養親族に限ります）を有することで、給与の支払を受ける人が寡婦またはひとり親に該当する場合は、令和9年分の扶養控除等申告書の該当する項目にチェックを付けます。

欄の書き方は扶養控除等申告書の記事で説明しています。

年末調整で受けられない控除と住民税

医療費控除、雑損控除、寄附金の控除は、年末調整では受けられません。これらを住民税に反映させる道は、次のとおりです。

• 所得税の確定申告書を出す。地方税法317条の3第1項は、前年分の所得税の確定申告書を出した場合（政令で定める場合を除きます）、その確定申告書を出した日に住民税の申告書が出されたものとみなすと定めています（その日より前に住民税の申告書を出していた場合を除きます）。同条3項は、この場合、確定申告書に住民税の賦課徴収に必要な事項を付記しなければならないと定めています。
• 住民税の申告書を出す。地方税法317条の2第3項は、給与支払報告書を出す義務がある者から1月1日現在で給与の支払を受けていて、前年中に給与所得以外の所得がなかった人（同条1項・2項により申告書を出す義務がある人を除きます）が、雑損控除額・医療費控除額の控除、純損失・雑損失の金額の控除、寄附金税額控除額の控除を受けようとする場合は、3月15日までに、これらの控除に関する事項を記載した住民税の申告書を賦課期日現在の住所地の市区町村長に出さなければならないと定めています。寄附金税額控除を受けようとする場合の申告書には、地方税法317条の2第5項が別に定めているものがあります。期限が休日に当たる年の扱いと出し方は、賦課期日現在の住所地の市区町村の案内で確かめます。

寄附金は、住民税では所得控除ではなく寄附金税額控除（地方税法314条の7）で扱います。ふるさと納税にあたる寄附金（特例控除対象寄附金）には、住民税の申告書や確定申告書の提出に代えて、寄附先の自治体に、住所地の市区町村長への通知書（申告特例通知書）の送付を求める申告の特例があります（地方税法附則7条8項）。地方税法附則7条8項は、この特例を使える人を、寄附をした年分の所得税の確定申告書を出す義務がないと見込まれる人または所得税法121条（1項ただし書を除きます）の適用を受けると見込まれる人であって、この寄附金税額控除を受ける目的以外に翌年度分の住民税の申告書の提出（確定申告書の提出を含みます）を要しないと見込まれる人に限っています。地方税法附則7条9項は、この求めを、その年に求めを行う寄附先の自治体の数が5以下であると見込まれる場合に限っています。地方税法附則7条13項は、所得税法121条の適用を受けないこととなったとき、翌年度分の住民税の申告書（確定申告書を含みます）を出したとき、通知書を送付した自治体の数が5を超えたとき、通知書の送付を受けた市区町村長が賦課期日現在の住所地の市区町村長と異なったとき（この場合はその通知書に限ります）は、求めと通知書の送付がなかったものとみなすと定めています。年末調整で受けられない医療費控除などのために確定申告書を出した人は、地方税法附則7条13項によりこの特例の求めがなかったものとみなされるので、寄附金の控除も確定申告書で申告することになります。手続はふるさと納税と確定申告の記事で説明しています。

住宅ローン控除は、国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）が、所得税の額から控除しきれなかった住宅借入金等特別税額控除額がある場合について、翌年度分の個人住民税から控除できる場合があるとし、詳しい内容は最寄りの市区町村に尋ねるよう案内しています。年末調整で住宅ローン控除を受けるための申告書は住宅借入金等特別控除申告書の記事にまとめています。

年末調整をやり直したとき・税額が変わったとき

国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、年末調整が終わった後に、控除対象扶養親族の数などが異動してその異動事項の申告を受けた場合、配偶者控除または配偶者特別控除の適用を受けた配偶者や本人の合計所得金額の見積額と確定した合計所得金額に差額が生じて配偶者控除額・配偶者特別控除額が変動する場合、特定親族特別控除の適用を受けた特定親族の合計所得金額の見積額と確定した合計所得金額に差額が生じて特定親族特別控除額が変動する場合、年末調整の後に本年中に生命保険料や地震保険料などを支払った人から保険料控除申告書で申告を受けた場合、給与所得者から住宅借入金等特別控除申告書の提出があった場合について、「給与所得の源泉徴収票」を受給者に交付することとなる翌年1月末日までは年末調整のやり直しができるとしています。年末調整の後に本年分の給与を本年中に追加して支払うことになった場合については、追加して支払う額を加えて年末調整のやり直しをすることになる、としています。

給与支払報告書は年末調整の内容を市区町村に伝える書類なので、年末調整をやり直したときは、やり直した後の内容で給与支払報告書を書きます。すでに出した給与支払報告書の内容が変わるときの出し直し方は、提出先の市区町村の案内で確かめます。

住民税の税額を通知した後について、地方税法321条の6第1項は、市区町村長が税額に誤りがあることを発見した場合その他税額を変更する必要がある場合には、直ちに税額を変更して、会社と、会社を経由して本人に通知しなければならないと定めています。同条3項により、会社は、変更の通知を受け取った日の属する月以後に徴収する月割額を、変更された額に基づいて市区町村長が定めるところによって徴収します。

給与担当者が年末調整の時期に確かめること

• 扶養控除等申告書の「住民税に関する事項」欄。年齢16歳未満の扶養親族は所得税の控除対象扶養親族に該当しませんが、住民税のために記載が要る欄です。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）に載っている内閣官房からのお知らせは、給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）の「16歳未満の扶養親族」欄と「16歳未満扶養親族の数」欄への確実な記載も求めています。
• 年末調整をしなかった人の給与支払報告書。国税庁の手引（令和8年分）は、給与支払報告書の提出範囲を、年の中途で退職した人に対する令和8年中の給与等の支払金額が30万円以下である場合以外の給与等のすべてとしていて、年末調整をしたかどうかで分けていません。
• 年の中途で退職した人。同じ手引は、令和8年の中途で退職した人の給与支払報告書を退職時の住所地の市区町村に出すとし、退職した人に対する令和8年中の給与等の支払金額が30万円以下の場合は提出を省略できるとしています。
• 税務署への源泉徴収票の提出。同じ手引によると、令和9年1月1日以降、給与支払報告書を市区町村に提出した場合は、税務署に給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます（源泉徴収票のみなし提出の特例）。受給者に対しては、引き続き給与所得の源泉徴収票を交付する必要があります。
• 翌年度の税額の通知。5月31日までに税額の通知を受け取ったときは6月の給与から、5月31日より後に通知を受け取ったときは通知のあった月の翌月の給与から、通知された月割額の徴収を始めます（通知された税額が均等割額に相当する金額以下のときは、最初に徴収する月に全額を徴収します）。通知書の見方は住民税決定通知書の記事で説明しています。

よくある質問

Q. 年末調整の還付金に、住民税の分は含まれますか？

A. 含まれません。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、年末調整を、その年に納めるべき税額とそれまでに徴収した税額との過不足額を徴収または還付して精算する手続と説明していて、対象は源泉徴収した所得税（復興特別所得税を含みます）です。住民税は市区町村が税額を決めて通知する税で、年末調整の計算に入りません。

Q. 年末調整で保険料控除や扶養控除を申告すると、住民税も変わりますか？

A. 年末調整で申告した内容は、会社が給与支払報告書を市区町村に提出した場合、その報告書に書かれ、市区町村が翌年度の住民税を計算するときの所得控除に使われます。年末調整をする時点で給与から徴収されている住民税は、市区町村がすでに決めて通知した年度分の額なので、年末調整では変わりません。住民税の所得控除の額は地方税法314条の2が定めていて、所得税の控除額と同じとは限りません。

Q. 年末調整を受けなかった人の住民税は、どう決まりますか？

A. 国税庁の手引（令和8年分）は、給与支払報告書の提出範囲を、年の中途で退職した人に対する令和8年中の給与等の支払金額が30万円以下である場合以外の給与等のすべてとしていて、年末調整をしたかどうかで分けていません。国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、年末調整の対象とならない人は自分で確定申告をして税額の精算をすることになるとしていて、地方税法317条の3第1項により、所得税の確定申告書を出した場合（政令で定める場合を除きます）は、その日より前に住民税の申告書を出していた場合を除き、確定申告書を出した日に住民税の申告書も出されたものとみなされます。

Q. 年末調整で控除を出し忘れました。住民税にはどう反映させますか？

A. 国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、年末調整の後に控除対象扶養親族の数などが異動してその異動事項の申告を受けた場合や、年末調整の後に本年中に生命保険料や地震保険料などを支払った人から保険料控除申告書で申告を受けた場合などについて、「給与所得の源泉徴収票」を受給者に交付することとなる翌年1月末日までは年末調整のやり直しができるとしているので、まず会社に申し出ます。所得税の確定申告書を出した場合（政令で定める場合を除きます）は、地方税法317条の3第1項により、その日より前に住民税の申告書を出していた場合を除き、確定申告書を出した日に住民税の申告書も出されたものとみなされます。

Q. 年末調整で住宅ローン控除を受けています。住民税からも引かれますか？

A. 国税庁の「年末調整のしかた」（令和8年分）は、所得税の額から控除しきれなかった住宅借入金等特別税額控除額がある場合について、翌年度分の個人住民税から控除できる場合があるとしています。控除できるかどうかと額は、最寄りの市区町村に確かめるよう案内されています。

出典

地方税法の条文（e-Gov法令検索）と、国税庁・総務省の資料で確認して作成。確認日：2026年10月9日。

• e-Gov法令検索「地方税法」313条（所得割の課税標準）、314条の2（所得控除）、314条の7（寄附金税額控除）、317条の2（市町村民税の申告等）、317条の3、317条の3の2（給与所得者の扶養親族等申告書）、317条の6（給与支払報告書等の提出義務）、321条の4（特別徴収義務者の指定等）、321条の5（特別徴収税額の納入の義務等）、321条の6（特別徴収税額の変更）、附則7条（寄附金税額控除に係る申告の特例等）
• 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」— 年末調整とは、年末調整の対象となる人、扶養控除等申告書の注意事項、過不足額の精算、年末調整後に給与の追加払や扶養親族等の異動があった場合の再調整
• 国税庁「令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」第2章 給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）
• 総務省「個人住民税」— 個人住民税所得割の計算の仕組み、所得控除、税額控除

本記事は一般的な情報提供を目的としたものです。住民税の申告書の様式や出し方は市区町村により異なることがあります。個別の判断は、1月1日の住所地の市区町村・税務署または税理士にご確認ください。