育休中の年末調整 — 給付金が非課税なのは「準用」されているから。配偶者控除が新たに立ち上がる
秋になると、育児休業中の社員の分だけ手が止まります。用紙を送るのか、送らないのか。給付金は収入に入るのか、入らないのか。配偶者の欄はどう書くのか。結論から言うと、押さえるべき分岐は2つだけです。
1つ目は「その年に給与の支払があったかどうか」。年末調整という手続きは、所得税法190条が定める「その年最後に給与等の支払をする場合」に発動します。1月から12月まで丸ごと育休で、給与の支払が1円も無かった年は、精算すべき源泉徴収税額そのものが無いので、年末調整は起きません。逆に年の途中まで働いていたなら、通常どおり年末調整の対象になります。
2つ目は「育児休業給付金は所得ではない」こと。ここが効いてくるのは本人ではなく配偶者の側で、令和8年分では配偶者の合計所得金額が62万円以下なら配偶者控除38万円が使えます。前年まで共働きで控除がゼロだった世帯に、育休の年だけ控除が立ち上がるわけです。これを取りこぼしている申告書は珍しくありません。
そしてもう一段。「育児休業給付金は雇用保険法12条で非課税」と説明されることが多いのですが、12条の本文は育児休業給付のことを1文字も書いていません。実際の根拠は別の条にあります。この記事では、そこを条文で確かめたうえで、年末調整の実務に落とします。
給付金そのものの金額の計算（67%と13%、上限額、180日の数え方）は育児休業給付金はいくら？に、年末調整の一般的な期限と流れは年末調整はいつまで？に、申告書そのものの書き方は扶養控除等申告書の書き方にあります。この記事はそれらと役割を分け、「育休中の人と、その配偶者の年末調整がどう変わるか」だけを扱います。
結論 — 2つの分岐だけ覚える
育休中の年末調整は、次の2つの問いに順番に答えれば片が付きます。
問1: その年（1月1日〜12月31日）に、その会社から給与の支払があったか。
あった → 12月時点で在籍していれば年末調整の対象。給与が少ない年ほど、源泉徴収された所得税が戻ってくる可能性が高くなります。
1円も無かった → 年末調整は行われません。精算する源泉徴収税額が存在しないためです。生命保険料控除などを使いたい場合は、本人が確定申告をすることになります。
問2: 配偶者の側で、控除が新しく使えるようになっていないか。
育児休業給付金は所得に入らないので、育休の年は合計所得金額が大きく下がります。令和8年分で62万円以下なら配偶者控除、62万円超133万円以下なら配偶者特別控除の対象になり得ます。
給付金が非課税である本当の根拠は12条ではない
育児休業給付金が非課税であることは広く知られていて、根拠として雇用保険法12条が挙げられます。条文はこうです。
租税その他の公課は、失業等給付として支給を受けた金銭を標準として課することができない。
ここで止まると危険です。この条文が守っているのは「失業等給付」だけで、育児休業給付という言葉はどこにも出てきません。そして育児休業給付は、いまの雇用保険法では失業等給付ではありません。第3章の2「育児休業等給付」として独立した章に置かれており、その章の冒頭にあたる61条の6が、給付の種類をこう並べています。
- 育児休業給付 … 育児休業給付金・出生時育児休業給付金
- 出生後休業支援給付 … 出生後休業支援給付金
- 育児時短就業給付 … 育児時短就業給付金
では非課税はどこから来るのか。同じ61条の6の最後の項が、答えを1行で置いています。
第十条の三から第十二条までの規定は、育児休業等給付について準用する。
「12条だから非課税」ではなく「61条の6第5項が12条を準用しているから非課税」
結論は同じでも、経路が違います。準用規定を経由しているということは、準用の対象に入っている給付だけが守られているということです。61条の6は育児休業等給付の全体、つまり育児休業給付金・出生時育児休業給付金・出生後休業支援給付金・育児時短就業給付金のすべてを列挙したうえで準用しているので、令和7年4月に始まった出生後休業支援給付金や育児時短就業給付金も、同じ1行によって非課税になっています。新しい給付が増えたときに「これも非課税か」を確かめる場所は、12条ではなくこの準用規定です。
実務上の帰結は単純で、これらの給付金は源泉徴収票にも合計所得金額にも入りません。年末調整の用紙に書く欄もありません。「収入」として書いてしまうと、後述する配偶者控除の判定が丸ごと狂います。
年末調整が行われるか — 190条の「その年最後に給与等の支払をする場合」
年末調整という手続きは、会社が勝手に始められるものではなく、所得税法190条が発動条件を定めています。長い条文ですが、効いているのは次の一句です。
その提出の際に経由した給与等の支払者がその年最後に給与等の支払をする場合
つまり年末調整は「その年最後の給与を支払う場面」で行う精算です。ここから2つのことが決まります。
| その年の給与 | 年末調整 | 理由 |
|---|---|---|
| 年の途中まで支払があった （例: 4月から育休） | 行う | 最後の給与の支払があり、源泉徴収された所得税を精算する必要があるため |
| 1月から12月まで1円も無い | 行わない | 「その年最後に給与等の支払をする場合」に当たらず、精算すべき徴収税額も無いため |
| 賞与だけ支払があった | 行う | 賞与も給与等に含まれ、源泉徴収の対象になるため |
「4月から育休に入り、1月から3月まで給与があった」というよくある形は、年末調整の対象です。しかもこの年は年収が大きく下がっているので、毎月の源泉徴収額の前提（1年間その水準で働き続ける想定）が実態と合わなくなり、還付が出やすい年になります。用紙を送らないと、この還付が丸ごと取り残されます。
還付が出やすいのは「取られすぎていた」から
毎月の給与から引かれる所得税は、源泉徴収税額表という早見表で機械的に決まります。この表はその月の給与水準が1年続く前提で作られているので、年の途中で給与が止まると、実際の年税額より多く徴収された状態になります。年末調整はその差額を返す手続きです。育休で年収が下がった年ほど、差額は大きくなります。
配偶者控除38万円が新たに立ち上がる（62万・95万・130万・133万の4本の線）
ここが、育休の年にいちばん金額が動くところです。育児休業給付金は所得に入らないので、育休を取った人の合計所得金額は、給与のあった月の分だけになります。その結果、前年までは控除の対象外だった人が、対象に入ってきます。
所得税法2条1項33号は、控除の入口になる「同一生計配偶者」をこう定義しています。
居住者の配偶者でその居住者と生計を一にするもの（第五十七条第一項（事業に専従する親族がある場合の必要経費の特例等）に規定する青色事業専従者に該当するもので同項に規定する給与の支払を受けるもの及び同条第三項に規定する事業専従者に該当するもの（第三十三号の四において「青色事業専従者等」という。）を除く。）のうち、合計所得金額が六十二万円以下である者をいう。
この62万円という数字は、令和8年12月1日施行の改正で入ったものです。改正法の附則2条が「新所得税法第二条第一項（……第三十三号……に係る部分に限る。）の規定は、令和八年分以後の所得税について適用し、令和七年分以前の所得税については、なお従前の例による」と定めているので、令和8年分から62万円で判定します。令和7年分以前を遡って見るときは古い金額で判定することになります。
控除の側は、金額の帯によって4本の線が引かれます。整理すると次のとおりです（いずれも、控除を受ける本人＝配偶者の側の合計所得金額が900万円以下である場合）。
| 育休を取った人の合計所得金額 | 配偶者が受けられる控除 | 控除額 | 根拠 |
|---|---|---|---|
| 62万円以下 | 配偶者控除 | 38万円 | 所得税法83条1項1号 |
| 62万円超 95万円以下 | 配偶者特別控除 | 38万円 | 所得税法83条の2第1項1号イ |
| 95万円超 130万円以下 | 配偶者特別控除 | 段階的に逓減 | 所得税法83条の2第1項1号ロ |
| 130万円超 133万円以下 | 配偶者特別控除 | さらに逓減 | 所得税法83条の2第1項1号ハ |
| 133万円超 | なし | 0円 | 83条の2第1項の括弧書き |
ここで見落とされやすいのが、配偶者控除と配偶者特別控除は「どちらか一方」だという構造です。83条の2は対象を「控除対象配偶者に該当しないもの」と限定しているので、配偶者控除を受けられる人は、配偶者特別控除の対象から定義上外れます。両方を書き込む申告書は、必ずどちらかが誤りです。
もう1つ、扶養控除等申告書に出てくる「源泉控除対象配偶者」は別の物差しです。所得税法2条1項33号の4は、これを「居住者（合計所得金額が九百万円以下であるものに限る。）の配偶者で……合計所得金額が九十五万円以下である者」と定義しています。62万円ではなく95万円で線が引かれているのは、毎月の源泉徴収の段階で扶養親族等の数に数えるかどうかを決めるための基準だからです。年末調整の最終的な控除額とは別の判定なので、「源泉控除対象配偶者に書いたから配偶者控除も自動で付く」わけではありません。
なお、これらの判定はその年の12月31日の現況で行います（所得税法85条3項）。年末に復職したかどうかは判定を左右しません。左右するのは、その年1年間の合計所得金額です。
合計所得金額を給与の年収に読み替えたいときは、年収の壁で年ごとの換算を扱っています。
社会保険料は免除される。だから社会保険料控除も消える
育休中は健康保険料・厚生年金保険料が免除されます。健康保険法159条1項の本文はこうです。
育児休業等をしている被保険者（第百五十九条の三の規定の適用を受けている被保険者を除く。次項において同じ。）が使用される事業所の事業主が、厚生労働省令で定めるところにより保険者等に申出をしたときは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める月の当該被保険者に関する保険料（その育児休業等の期間が一月以下である者については、標準報酬月額に係る保険料に限る。）は、徴収しない。
厚生年金保険法81条の2も、ほぼ同じ文で同じ仕組みを置いています。読み落としやすいのは次の2点です。
「1か月以下」の育休では、賞与の保険料は免除されない
159条1項の括弧書きが「その育児休業等の期間が一月以下である者については、標準報酬月額に係る保険料に限る」と限定しています。短期間の育休で免除されるのは月々の保険料だけで、賞与に係る保険料（標準賞与額に係る保険料）は免除されません。賞与月に短期の育休を当てて保険料を回避する形を封じる規定です。
あわせて、同じ月に育休を開始して同じ月に終える場合は、その月の育児休業等の日数が14日以上であることが免除の条件になります（159条1項2号）。13日と14日で結論が変わります。
そして、年末調整の実務でここが効いてきます。所得税法74条1項は社会保険料控除をこう定めています。
居住者が、各年において、自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族の負担すべき社会保険料を支払つた場合又は給与から控除される場合には、その支払つた金額又はその控除される金額を、その居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額から控除する。
控除できるのは「支払つた金額」または「控除される金額」です。免除された保険料は支払っても控除されてもいないので、社会保険料控除の対象になりません。育休の年は、給与が減るのと同時に社会保険料控除も減ります。「収入がこれだけ下がったのに、思ったほど還付が出なかった」という感覚のかなりの部分は、これが原因です。
免除されるのは本人負担分と会社負担分の両方で、免除された期間も将来の年金額の計算では保険料を納めたものとして扱われます。目先の控除は減りますが、年金記録が欠けるわけではありません。
育児休業給付金の支給額を計算する会社側の実務 — 誰に何を出してもらうか
会社の側の判断は、次の順で機械的に決められます。
| 状況 | 扶養控除等申告書 | 保険料控除申告書など | 源泉徴収票 |
|---|---|---|---|
| 年の途中まで給与があり、12月時点で在籍（育休中） | 翌年分を提出してもらう | 年末調整をするので提出してもらう | 発行する |
| 1年間まったく給与が無い | 翌年分を提出してもらう （在籍しているため） | 年末調整をしないので不要 | 支払金額が無いので原則として発行しない |
| 年の途中で復職し、12月に給与がある | 翌年分を提出してもらう | 提出してもらう | 発行する |
在籍している以上、翌年分の扶養控除等申告書は育休中でも提出してもらいます。この申告書は控除を受けるためだけの書類ではなく、翌年に給与の支払が再開したときに源泉徴収税額表の甲欄で計算するための前提だからです。出ていないと乙欄になり、復職した月の手取りが不必要に下がります。
配偶者が同じ会社にいるなら、そちらの申告書を必ず見直す
育休を取った本人ではなく、配偶者の年末調整で控除が増えるのがこの年の特徴です。配偶者控除等申告書に書く「配偶者の合計所得金額の見積額」から、育児休業給付金を除いてあるかを確かめます。給付金を収入に含めて見積もっていると、控除が使えるのに使わない申告書が出来上がります。
この見積額は年末時点の見込みでよく、実際と食い違ったときは年末調整のやり直し（翌年1月末まで）か確定申告で調整します。
住民税は1年遅れて来る
所得税と住民税で時間軸が違うことが、育休の年に表面化します。住民税は前年の所得に対して課税され、6月から翌年5月にかけて徴収されます。したがって次のようにずれます。
- 育休に入った年 … 前年（フルに働いていた年）の所得に対する住民税を払い続けることになります。給与が無いと給与天引きができないため、普通徴収に切り替えて自分で納付するか、復職後の給与からまとめて徴収する（一括徴収）などの取り扱いになります。
- 復職した年 … 前年（育休で所得が少なかった年）の所得に対する住民税なので、住民税が大きく下がります。所得が回復しても、住民税だけ1年遅れて安いままという状態になります。
特別徴収そのものの仕組みは住民税の特別徴収で扱っています。育休中の徴収方法をどうするかは、休業に入る前に本人と決めておかないと、納付書が自宅に届いてから慌てることになります。
落とし穴
- 給付金を「収入」に書いてしまう。 非課税なので合計所得金額に入りません。配偶者控除等申告書の見積額に含めると、使えるはずの控除が消えます。
- 年末調整をしないケースで、用紙も送らない。 給与ゼロの年は年末調整をしませんが、翌年分の扶養控除等申告書は別に必要です。混同すると復職月が乙欄になります。
- 「社会保険料が免除されるから得」とだけ考える。 免除された保険料は社会保険料控除にもなりません。所得税の還付という面では、控除が減る向きに働きます。
- 13日と14日を取り違える。 同じ月に始まって同じ月に終わる育休は、その月の育児休業等の日数が14日以上でないと免除されません。
- 短期の育休で賞与保険料まで免除されると思い込む。 育休期間が1か月以下なら、免除は標準報酬月額に係る保険料に限られます。
- 配偶者控除と配偶者特別控除を両方書く。 83条の2は「控除対象配偶者に該当しないもの」を対象にしているので、両立しません。
- 源泉控除対象配偶者の95万円を、配偶者控除の基準だと思う。 別の判定です。配偶者控除の入口は62万円（令和8年分）です。
- 12月31日以外の時点で判定する。 復職の有無ではなく、その年1年間の合計所得金額で決まります。
この記事の要点
育児休業給付金の非課税は、雇用保険法12条の直接適用ではなく61条の6第5項の準用によるもので、出生後休業支援給付金や育児時短就業給付金も同じ1行で守られています。年末調整が行われるかどうかは所得税法190条の「その年最後に給与等の支払をする場合」で決まり、給与ゼロの年は手続き自体が起きません。金額がいちばん動くのは配偶者の側で、令和8年分では合計所得金額62万円以下で配偶者控除38万円が新たに使えるようになります。一方で保険料免除は社会保険料控除の減少を伴うため、還付は期待ほど大きくならないことがあります。
よくある質問
Q. 育休中は年末調整をしなくていいのですか？
A. その年に給与の支払があったかどうかで変わります。所得税法190条は「その年最後に給与等の支払をする場合」に年末調整を行うと定めているため、1月から12月まで給与が1円も無かった年は、精算すべき源泉徴収税額が存在せず、年末調整は行われません。一方、年の途中まで給与があった場合は通常どおり年末調整の対象になります。この場合は年収が下がっている分だけ源泉徴収された所得税が多すぎる状態になりやすく、還付が出る可能性が高くなります。
Q. 育児休業給付金は年末調整の用紙にいくらと書けばよいですか？
A. 書く欄はありません。育児休業給付金は非課税で、合計所得金額にも給与所得にも含まれないためです。根拠は雇用保険法12条が「租税その他の公課は、失業等給付として支給を受けた金銭を標準として課することができない」と定め、同法61条の6第5項がこの規定を育児休業等給付に準用していることにあります。配偶者控除等申告書に配偶者の合計所得金額の見積額を書くときも、給付金は含めずに見積もります。
Q. 妻が育休に入りました。夫の年末調整で何か変わりますか？
A. 配偶者控除または配偶者特別控除が新たに使えるようになる可能性が高いです。育児休業給付金が所得に入らないため、育休の年は合計所得金額が大きく下がるからです。令和8年分では合計所得金額62万円以下で配偶者控除38万円、62万円超95万円以下で配偶者特別控除38万円が対象になります（いずれも控除を受ける側の合計所得金額が900万円以下の場合）。前年まで対象外だった世帯ほど見落としやすい部分です。
Q. 社会保険料が免除されると、年末調整の還付は増えますか？
A. 増える方向には働きません。所得税法74条1項は社会保険料控除の対象を「支払つた金額」または給与から「控除される金額」としているため、免除された保険料はそもそも控除の対象になりません。給与が減ることで税額は下がりますが、同時に社会保険料控除も減るので、収入の減少幅ほど還付が大きくならないことがあります。なお免除された期間も将来の年金額の計算では保険料を納めたものとして扱われます。
Q. 1か月だけ育休を取った場合も社会保険料は免除されますか？
A. 条件があります。健康保険法159条1項は、育児休業等を開始した月と終了日の翌日が属する月が同じ場合、その月の育児休業等の日数が14日以上であることを免除の条件としています。また同項の括弧書きにより、育児休業等の期間が1か月以下である場合の免除は標準報酬月額に係る保険料に限られるため、賞与に係る保険料は免除されません。厚生年金保険法81条の2もほぼ同じ内容を定めています。
Q. 育休中でも扶養控除等申告書は提出してもらう必要がありますか？
A. 在籍している限り、翌年分は提出してもらうのが実務上の扱いです。この申告書は年末調整のためだけの書類ではなく、給与の支払が再開したときに源泉徴収税額表の甲欄で計算するための前提になるためです。提出がないと乙欄で計算することになり、復職した月の手取りが不必要に下がります。
Q. 育休中の住民税はどうなりますか？
A. 住民税は前年の所得に対して課税されるため、育休に入った年は前年のフルに働いていた年の分を払い続けることになります。給与が無い期間は給与天引きができないので、普通徴収に切り替えて本人が納付するか、休業前の給与からまとめて徴収するなどの取り扱いになります。逆に復職した年は、前年の所得が少なかった分だけ住民税が下がります。
Q. 年末調整の後に配偶者の所得の見積りが違っていたと分かりました。どうすればよいですか？
A. 一般に、翌年1月末日までであれば会社が年末調整のやり直しを行うことができ、それ以降は本人が確定申告で精算する扱いになります。配偶者控除等申告書に書くのは年末時点の見積額なので、実際の金額と食い違うこと自体は想定されています。控除が過大だった場合は税額が不足し、過少だった場合は還付を受けられるので、どちらの向きでも精算する余地があります。
出典
- e-Gov法令検索・法令API v2「雇用保険法」（昭和四十九年法律第百十六号）12条・61条の6
- e-Gov法令検索・法令API v2「所得税法」（昭和四十年法律第三十三号）令和8年12月1日施行版 2条1項33号・33号の4、74条、83条、83条の2、85条、86条、190条、および改正法附則2条・9条
- e-Gov法令検索・法令API v2「健康保険法」（大正十一年法律第七十号）159条
- e-Gov法令検索・法令API v2「厚生年金保険法」（昭和二十九年法律第百十五号）81条の2
この記事は一般的な情報提供であり、個別の税務相談ではありません。筆者は税理士・社会保険労務士ではありません。実際の判断は所轄税務署・年金事務所または顧問の税理士・社会保険労務士にご確認ください。