マイクロ法人とは｜個人事業と併存する契約・経理・税金・社会保険の確認表

公開日: 2026年10月28日

文責: Masahiro Yasu（クリニック・EC事業の経営者／経理実務者）

マイクロ法人とは、代表者を中心に少人数で運営する小規模な法人の通称です。個人事業と併存させる場合も、契約・売上・経費・申告は個人と会社に分けて管理します。会社を作れば自動で節税できる、社会保険に加入できる、という制度ではありません。

この記事は、個人事業を残して株式会社や合同会社を運営する場合の確認表です。まず取引の分け方、次に税金と社会保険、最後に毎月・決算時の作業を整理します。事業を会社へ移す手続きは法人成りの記事で扱います。

個人事業・法人成りとの違い

個人事業を残すか、会社に引き継ぐかが、経理の分担を考える入口です。マイクロ法人は会社法上の独立した会社種類ではありません。会社の種類は会社法2条、会社の法人格は同法3条で確認できます。

併存の利点は、各事業の収支を分けて把握できることです。一方で、帳簿・請求・精算の管理が増えます。法人の所得と個人の事業所得は別計算なので、会社に利益が残っていても、それがそのまま個人の生活費になるわけではありません。

設立の手順や法定費用は会社設立でやること、形態の比較は合同会社の記事へ進んでください。ここでは併存後の経理を扱います。

契約・請求・入金の確認表

売上は受取口座だけで分けず、取引の実態と照合します。個人名義の取引を、決算時に会社の売上へ付け替えるような処理は避け、誰が契約し、仕事を提供し、収益を得る取引なのかを先に整理します。

この表は、照合に使う資料の整理例です。書類の名義だけで帰属が決まるとは限りません。単なる名義人ではなく収益を享受する主体に課税する考え方は、所得税法12条と法人税法11条にあります。

業種を違う名前にすれば安全、同業種なら直ちに違法、という判定表ではありません。同じ取引先と双方が取引する場合も、契約範囲や成果物、対価の根拠を整理し、実際の所得の帰属に迷う場合は税理士・税務署へ確認します。

会社の売上が個人口座に入った例

架空の月次例です。個人の制作契約と会社の保守契約が各主体に実質的に帰属し、当月の役務が完了して売上が確定、同額の入金もあったとします。前受・値引き・源泉徴収はなく、消費税額の計算は省きます。

この架空例の合計は、個人と会社の売上を足した照合用の集計で、個人の課税所得ではありません。個人口座に入った会社代金を個人の売上にも入れると、同じ取引を重複して数えてしまいます。

会社側では、顧客の売掛金が消えた後も、本人から回収する金額が残っていないかを確認します。本人から会社へ送金したら、その残高と精算記録を照合します。勘定科目は実態に応じて整理し、預かった代金の精算と、本人が会社に資金を貸す取引を混同しないようにします。

共通経費と立替精算の分け方

誰が払ったかと、誰の費用かを分けます。代表者が会社の備品代を立て替えた場合は、領収書と業務上の用途、会社から本人への精算記録を対応させます。個人事業の経費にも同じ支出を重ねて計上していないか確認します。

個人の家事費は必要経費になりません。家事に関連する費用でも、業務の遂行上必要な部分を明確に区分できれば、その部分を必要経費にします（国税庁「事業所得の課税のしくみ」）。

共用の事務所代などは、売上の割合だけで機械的に配分する前に、契約上その負担が認められるか、使用実態と計算根拠が合っているかを確認します。個人と会社の間で使用料を授受するなら、受取側の収入や消費税の扱いも別に確認が要ります。

費用の負担割合、個人から会社への賃貸・売買、仕入税額控除の可否は、この表だけでは判断できません。契約書・利用記録・請求書をそろえて確認するための表です。

税金と役員報酬の確認点

会社の税負担と本人の税負担を別に見ます。個人の事業所得は収入と必要経費から、会社の所得は益金と損金から計算します。役員報酬は、会社からの支出と本人が受け取る給与という両面を持つため、支払額だけを見て節税額とは呼べません。

役員報酬は支払えば損金になるとは限らない

通常の役員給与は、定期同額給与・事前確定届出給与・一定の業績連動給与の要件を確認します。これらに該当しても、不相当に高額な部分は損金になりません。詳しくは国税庁「役員に対する給与」と役員報酬の決め方を参照してください。

退職給与や使用人兼務役員の使用人としての給与には別の扱いがあります。隠蔽・仮装して経理した役員給与は全額が損金不算入です。ここでは通常の金銭による役員給与の確認に絞っています。

設立しただけで消費税が免税になるとは決めない

インボイス登録を受けている事業者は、消費税の納税義務が免除されません。会社を新しく作ったことだけで判定せず、国税庁「納税義務の免除」で会社自身の条件を確認します。

主な確認点は、基準期間、特定期間、インボイス登録、課税事業者の選択、新設法人・特定新規設立法人への該当、高額な資産取得などです。個人側の登録や届出も残るため、個人の売上を会社へ移せば双方とも免税になる、という計算にはしません。

社会保険は事業所と本人を分けて確認

法人事業所の適用と、役員本人の被保険者資格は別々に確認します。日本年金機構「適用事業所と被保険者」では、被保険者となる人がいる法人事業所を適用対象としています。本人については労務と報酬などの使用関係を確認します。

無報酬の役員しかいないなど、被保険者となる人がいない法人事業所は、適用を受けられません（日本年金機構「新規加入に必要な書類一覧」）。登記や役員の肩書だけで加入できるわけではありません。

厚生労働省「法人の役員である個人事業主等に係る被保険者資格の取扱いについて」も、経営参画を内容とする経常的な労務提供と、業務の対価として経常的に支払われる報酬の実態を重視しています。会費を払って肩書を得ることと、法人に使用される実態があることは区別されます。

この表は資格判定ではありません。年齢・勤務関係などの条件、既存の勤務先がある場合や家族の扶養の扱いは年金事務所・加入先へ確認してください。保険料の計算ツールも、加入資格を判定するものではありません。

毎月・決算時に残す資料

月次では取引の帰属と精算残高、決算では申告に渡す資料を確認します。次の表は運用例です。提出書類を網羅した一覧ではありません。

法人設立の届出は、日々の記帳や決算申告の代わりにはなりません。法人として青色申告をする場合は、個人側の承認とは別に、法人の承認申請を確認します（国税庁「新設法人の届出書類」）。

会社の維持費には、申告を外注する場合の報酬、会計・請求のサービス利用料、社会保険の会社負担なども含めて整理します。東京都内に事務所等がある通常の株式会社・合同会社では、赤字でも法人都民税の均等割の申告・納付が必要です（東京都主税局「法人事業税・法人都民税」）。

年収だけで法人併用の損得は決まりません。個人と会社の税金、双方の事務負担、本人と会社の社会保険負担をそろえて比較するため、まず実際の契約・帳簿・報酬資料を整理します。

よくある質問

Q. マイクロ法人は特別な法人の種類ですか？

A. 小規模な法人の通称であり、会社法上の独立した会社種類ではありません。この記事は個人事業と株式会社・合同会社を併存させる場合の経理を扱っています。

Q. 個人事業を廃業せずに会社を運営する場合、帳簿はどうしますか？

A. 個人と会社それぞれに帰属する取引を分けて記帳します。契約・仕事の実態・請求・入金を対応させ、立替精算や貸借の残高も別に確認します。

Q. 会社の代金が個人口座に入ると、個人の売上になりますか？

A. 入金口座だけでは決まりません。会社に実質的に帰属する売上なら会社側で計上し、個人が受け取った代金は会社との精算として整理します。名義と実態が異なる場合は帰属を別途確認します。

Q. 無報酬の役員でも社会保険に加入できますか？

A. 無報酬の役員しかいないなど被保険者となる人がいない法人事業所は、適用を受けられません。役員本人の資格も、肩書だけでなく労務と報酬などの実態により確認します。

Q. 個人の青色申告をしていれば、会社も青色申告できますか？

A. 法人として青色申告の承認を受けるための申請を別に確認します。個人の承認があるだけで会社も承認済みとは扱いません。

出典

国税庁の税務案内、日本年金機構の適用関係案内、厚生労働省の通知などを参照。設例は取引と入金を照合するための架空例です。

• e-Gov法令検索「会社法」2条・3条
• e-Gov法令検索「所得税法」12条・37条
• e-Gov法令検索「法人税法」11条・22条・74条・126条
• 国税庁「事業所得の課税のしくみ」
• 国税庁「役員に対する給与」
• 国税庁「納税義務の免除」
• 国税庁「新設法人の届出書類」
• 日本年金機構「適用事業所と被保険者」
• 日本年金機構「健康保険・厚生年金保険 新規加入に必要な書類一覧」
• 厚生労働省「法人の役員である個人事業主等に係る被保険者資格の取扱いについて」
• 東京都主税局「法人事業税・法人都民税」法人都民税Q4

本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務・労務相談への回答ではありません。実際の判断は税務署・税理士、年金事務所・社会保険労務士等にご確認ください。