小規模事業者持続化補助金の申請｜第20回通常枠の対象・経費・必要書類

公開日: 2026年10月27日

文責: Masahiro Yasu（クリニック・EC事業の経営者／経理実務者）

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が自ら作る経営計画に沿った販路開拓等の費用を、一部補助する制度です。一般型・通常枠の申請では、事業所を管轄する商工会・商工会議所の支援を受け、電子申請を行います。

最初に確認するのは対象者の要件と、事業支援計画書の受付期限です。採択されても、交付決定前の発注は補助対象になりません（展示会の申込みの例外は対象期間の節）。補助金は後払いなので、支出を先に賄う資金も必要です。

この記事は2026年10月27日時点の第20回一般型・通常枠、公募要領第8版（2026年7月21日）を対象にしています。申請時には公式サイトで改訂の有無を確認してください。

受付日程と、申請から入金までの流れ

第20回一般型・通常枠の予定日程です。第20回の事業支援計画書（様式4）の発行依頼受付と、補助金の申請受付は別の締切です。予定は変更されることがあります。

計画書の発行には面談や内容確認があり、依頼した日に受け取れるとは限りません。申請期限から逆算するだけでなく、発行窓口へ相談する日を先に確保します。上記は公募で指定された平日の締切で、独自に翌営業日へ繰り延べて扱いません。

対象者は人数だけで決めない

対象になり得るのは、日本国内に居住する個人、または日本国内に本店を有する法人等の小規模事業者です。会社、商工業を営む個人事業主、要件を満たす特定非営利活動法人が含まれます。創業予定者は対象外で、開業届の提出だけでなく申請時点で開業の実態が必要です。

第20回の申請時における「常時使用する従業員」の人数基準です。業種は現に行っている業態、または今後予定する業態で判定します。会社役員・同居親族従業員などの除外は下の注を参照してください。

人数の主な除外は会社役員、同居親族従業員、日雇い・所定の短期雇用・試用期間中の者です。解雇予告を必要とするパートは含み、日雇い・所定の短期雇用・試用等の除外を適用します。直接雇用関係のない派遣社員は含めません。小規模事業者卒業加点を希望する場合を除き、事業終了まで小規模事業者の要件を維持します。

短期雇用や試用期間の扱いは、雇用の名称だけで決めず、公募要領「補助対象者」と公式FAQ「補助対象者について」に沿って名簿を確認します。申請後に本採用や増員を予定している場合は、その後の人数も確認します。

特定非営利活動法人は、法人税法上の収益事業を行い、認定特定非営利活動法人でないことが必要です。収益事業を行っていても免税で確定申告書を提出できなければ対象外です。第20回の対象となる同法人は「製造業その他」の常時使用する従業員20人以下の基準で判定します。

主な対象外の例は、医師・歯科医師・助産師、医療法人、一般社団法人・一般財団法人、社会福祉法人です。法人格や業種の全範囲は公募要領の対象者一覧で確認します。

第20回では、資本金または出資金が5億円以上の法人に直接・間接に株式を100％保有される法人は対象外です。第20回の対象者は、申告済みの直近過去3年分の各年・各事業年度の課税所得の年平均額が15億円を超えないことも必要です。

過去に持続化補助金を利用した場合は、効果報告の提出状況、不備の解消、事業終了後の経過期間による再申請制限を確認します。卒業枠・小規模事業者卒業加点で採択され事業を実施した事業者は対象外です。創業型に申請中・採択済みの場合も、通常枠へ重複して申請できません。

商工業を営まず、系統出荷の収入のみの個人農林水産業者は対象外です。農作物の加工・料理提供等の商工業を営む場合は、その事業に必要な経費が対象となり得ますが、生産自体に使える機器等は対象外です。

補助率・上限と、特例を使う際の注意

第20回一般型・通常枠の基本補助率は2/3、基本の補助上限は50万円です。下表の上乗せは、それぞれの特例要件を満たす事業者が対象です。特例要件を満たさないと、上乗せ分だけでなく補助金全体が交付されません。

第20回の賃金引上げ特例のうち、赤字事業者の追加要件も満たす場合は補助率3/4です。赤字の判定に使うのは会計上の損失ではなく、法人は直近の申告書別表一・別表四の所得金額または欠損金額、個人は直近の確定申告書第一表の「課税される所得金額」です。該当欄がゼロ以下かを確認します。

第20回の特例なしの設例：対象経費75万円の全額が認められ、経費区分ごとの上限等にも抵触しないと仮定すると、補助見込額は75万円×2/3＝50万円、差額の自己負担は25万円です。後払いのため、支払時には対象経費の全額を賄う必要があります。これは計算例であり、実際の交付額を保証するものではありません。

インボイス特例は登録だけでは足りない

第20回のインボイス特例の時期条件は、2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間での免税歴、または2023年10月1日以降の創業です（ほかの要件は下の注）。

ほかの要件：補助事業終了時点で適格請求書発行事業者の登録を受け、過去のインボイス枠・インボイス特例で補助事業を実施していないことが必要です。

登録通知書などの添付時期も、申請中か登録済みかによって異なります。

賃金引上げ特例は年間の給与と人数で確認する

第20回の賃金引上げ特例の比較期間は、2027年4月1日から2028年3月31日までと前年同月の期間です。補助事業終了予定日も同じ実施期限日に設定します。

給与には給料・賃金・残業代・賞与等を含み、福利厚生費・法定福利費・退職金・実費精算額・会社負担の社宅費用等は含めません。給与は実際の支給月を基準に集計します。比較する両期間の対象従業員は、同じ人である必要はありません。

特例の目標値や対象者・人数の算定方法は第20回参考資料と公式の要件達成シートで確認します。申請要件の人数表をそのまま賃上げ計算に流用しません。

主な条件：採択後、交付決定までに全従業員または従業員代表者・役員へ目標を表明します。算定の対象者は、非常勤を含む各比較期間の全月給与受給者ですが、代表者・役員・専従者を除き、時短勤務者は除外でき、パートは正社員の就業時間に換算します。対象従業員がいない月があると算定できず、地域別最低賃金以上の支払も必要です。

対象経費の参照表と、対象外になりやすい支出

第20回の対象経費は次の8区分です。経営計画に基づく販路開拓等への使用目的が明確で、対象期間と支払・証憑の要件を満たす経費を計上します。表は確認箇所の案内です。区分名や費用の名称だけで対象と決めず、用途・取引・証憑等を要領と照合します。

第20回の広報費とウェブサイト関連費は、それぞれ単独での申請ができず、それぞれの区分の補助金交付申請額は上限30万円（税込）です。経費自体の金額上限とは区別します。新商品開発の市場調査等は、申請時に実施済みなら内容と結果を補助事業計画へ記載し、申請時未実施の場合は実績報告書へ記載します。

主な例外・条件として、サイト用写真はウェブサイト関連費、事業期間をまたぐソフト使用権や借料は期間按分で扱います。サイトは作成・支払だけでなく期間内の運用が必要です。

国が助成する他制度と同一・類似内容の事業は対象外です。経費を分けるだけで併用可能とは判断せず、受給済み・受給予定の制度がある場合は双方の事務局へ事前確認します。

同じ事業で国の他制度による助成と重複する経費、社内や関係会社・所定の親族関係のある相手への発注、応募書類や実績報告書の作成手続費用などは対象外です。発注前に公募要領「補助対象経費」の対象外一覧まで照合します。

見積書は税込総額と中古品の単価を分ける

第20回の中古品以外では、税込1件50万円超の発注で2者以上の相見積から安価な先を選びますが、業務の性質上見積困難な場合は、採択後交付決定までに理由書を提出する扱いです。

第20回の中古品は、税抜単価50万円未満で、金額を問わず2者以上の中古品販売事業者の同等品見積を取得し、採択後交付決定までと実績報告時に添付します。中古品は理由書で相見積を省くことはできません。中古品は、前記単価基準を分割購入で回避する方法、個人・オークションからの購入、修理費は対象外です。

申請書類を入力・添付・発行依頼に分ける

計画は事業者自身が作ります。現状の売上や顧客、強み・課題、狙う客層、販路開拓の取組、売上高・売上総利益の増加見込みと根拠をつなげ、経費明細と対応させます。「設備を買う」で終わらせず、その設備で誰に何を届け、どんな成果を見込むかを説明します。

第20回の会社・個人事業主の基本書類の分け方です。特例・加点に応じた追加資料もあるため、提出前には公募要領「申請に必要な書類」の該当欄と照合します。

決算期を迎えた会社で損益計算書がなければ、申告書の表紙・別表四を提出します。初回決算前の会社・個人事業主は、開業以降の売上発生を証する売上台帳等で代替し、個人は開業日を記載した開業届も必要です。決算期を迎えた個人は所得額にかかわらず確定申告書を提出します。NPOの決算前後の資料は、公募要領のNPO欄で確認します。提出資料の個人番号は黒塗りします。

添付資料は指定のファイル名と提出先欄をそろえます。書類が存在しても、別の欄への登録やパスワード設定で事務局が内容を確認できなければ審査できません。決算前の法人やNPOの代替資料、登記事項証明書の要否も公募要領で確認します。

支援機関の確認と電子申請を完了する

窓口は事業を営む地区を管轄する商工会・商工会議所です。非会員でも応募できます。所在地だけで判断しにくい地区もあるため、管轄を確認し、計画と希望する特例・加点の資料をそろえて相談します。社外の代理人だけで相談・発行依頼を完結させることはできません。

第20回の事業支援計画書（様式4）は、地区によって受領後の手順が異なります。発行までに面談や内容確認が必要で、対象要件を満たさないと発行されません。

GビズIDプライムは事前に取得し、登録済みの事業者情報も更新しておきます。要領はGビズIDメンバーの利用も案内していますが、暫定プライムは使用できません。アカウントとパスワードを第三者支援者へ渡す方法も取りません。

申請は公式の電子申請システムで行い、郵送では受け付けません。添付資料と支援計画書がそろったら内容を確認して提出し、提出完了の状態を確認します。途中保存や支援計画書の発行依頼だけでは、補助金の申請は完了しません。

採択後の発注・支払は交付決定日を確認する

発注等の開始は、採択日ではなく交付決定日を確認します。展示会等の出展申込みを除き、見積審査後に交付決定通知書を受領し、記載の交付決定日以降に発注・契約・支出を行います（出展申込みの扱いは下の表）。

第20回の見積書等の提出期限は2028年2月29日で、未提出の場合は採択取消しです。採択から交付決定までの審査時間も見込み、納品や広告掲載が実施期間に収まるよう調整します。

第20回の補助事業実施期間は、交付決定日から2028年3月31日までの予定です。発注日だけでなく、納品・実際の取組・支払完了まで確認します。

支払は銀行振込を基本とし、小切手・手形・相殺による決済は対象外です。高額の現金支払にも制限があります。見積・発注・納品・検収・請求・支払がつながる資料と、成果物や実施状況の写真を保存します。

内容や経費配分を変える場合は、変更前に事務局の承認要否を確認します。新しい費目の追加には制限があり、目的達成に不可欠と認められる場合の扱いも定められています。業務効率化の取組の経費を、変更承認によって事後に対象へ加えることはできません。

実績報告・額の確定・請求まで管理する

事業が終わったら、実績報告書、経費の管理表・内訳、一連の証憑を提出します。申請時未提出のインボイス登録通知、賃上げ特例の賃金台帳や雇用条件の資料など、適用した特例・加点に対応する資料も必要です。審査を受けて補助金額が確定し、その後に請求・入金へ進みます。

第20回の実績報告期限は下表で確認します。賃上げ特例・加点では早期終了時の扱いが異なります。商工会議所地区の期限猶予は直後の注を参照してください。

期限の例外：商工会議所地区の交付規程では、やむを得ない理由で期限までに提出できないと事務局が認めた場合、期限を猶予できると定めています。猶予を自己判断せず、管轄事務局へ確認します。

補助事業の経理は他の取引と区分します。第20回の関係帳簿・証拠書類は、補助事業終了日の属する年度の終了後5年間、閲覧に供せる状態で保存します。終了後も効果・賃上げ等の状況報告や検査への対応があるため、入金で管理を終わらせません。

補助金で取得した機械や改装した店舗等には、処分制限がかかる場合があります。売却・廃棄・目的外使用などを予定する場合は事前承認を確認します。ホームページの改良でも、補助事業の目的遂行に必要な改良・機能強化は処分に当たらない扱いがあるため、変更の内容を区別します。

申請・決定と、実績報告・額の確定は、補助金適正化法の交付申請等の規定でも別の段階です。具体的な提出書類や手続きは、対象回の公募要領と一般型・通常枠の交付規程、採択後に公表される当該回の手引きを合わせて確認します。

計上時期や消費税・固定資産の処理は、補助金の仕訳と計上時期、補助金と消費税で扱っています。申請手続きの段階と、会計・税務上の確定判断を混同せず、通知内容を確認します。

提出前の確認表

よくある質問

Q. 商工会・商工会議所の非会員でも申請できますか？

A. 非会員でも応募できます。事業を営む地区の管轄窓口で支援を受け、事業支援計画書の発行を依頼します。会員資格とは別に、補助対象者・事業等の要件を満たす必要があります。

Q. 採択されたらすぐに注文できますか？

A. 採択だけでは注文を始められません。交付決定通知書を受領し、記載された交付決定日以降に発注等を行います。展示会等の出展申込みは交付決定前でも認められますが、請求書の発行・支払は交付決定日以後であることが必要です。

Q. パートは従業員数に含めますか？

A. 常時使用する従業員の判定ではパートも含めます。短期雇用等の除外を公募要領に沿って確認し、賃上げ特例の正社員換算人数とは分けて扱います。

Q. ホームページ制作だけで申請できますか？

A. 第20回のウェブサイト関連費だけでの申請はできません。ほかの経費と組み合わせ、経費区分ごとの補助金交付申請額の上限、事業期間内の運用などの条件も確認します。

Q. 申請を外部の支援者に任せられますか？

A. 計画の検討と策定は事業者自身が行います。社外の代理人だけで支援機関への相談・計画書発行依頼を完結することはできません。商工会・商工会議所を除く第三者の支援を受けた場合は、支援者と支援金額を所定欄に記載し、認証情報は開示しません。

関連記事・ツール

出典

第20回一般型・通常枠の申請実務は、公式事務局の公募要領・参考資料・FAQを参照しています。

• 小規模事業者持続化補助金事務局「第20回公募要領」第8版
• 同「第20回参考資料」
• 同「第20回よくあるご質問」
• 商工会議所地区「一般型・通常枠 交付規程」
• e-Gov法令検索「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律」
• 商工会地区公式事務局・商工会議所地区公式事務局

本記事は一般的な情報提供を目的としており、申請の代行や個別の税務・労務相談には応じられません。個別の補助対象の判断は管轄の商工会・商工会議所または補助金事務局、税務上の判断は税務署・税理士へご確認ください。